加入两个图（一个在另一个旁边）GWAS答案

【问题标题】：Join two graphs (one beside other) GWAS加入两个图（一个在另一个旁边）GWAS
【发布时间】：2018-12-17 09:58:35
【问题描述】：

我有这段代码可以生成 2 种不同类型的图表（曼哈顿图和 QQ 图）

# Set up the work directory in which all data is gonna be extracted
gwasResults2 = read.csv("DWStem.csv") #Change name of the file
library(qqman) #Run to create plots
library(cowplot)
library(extrafont)
library(grid)
library(cowplot)
library(gridExtra)
MH <- manhattan(gwasResults2, chr="CHR", bp="BP", snp="SNP", p="P", 
                     col = c("chartreuse2", "darkorange1", "gold1"),ylim=c(0,-log10(1e-06)), chrlabs = NULL,
                     suggestiveline = -log10(1e-03), genomewideline = -log10(1e-05),
                     highlight = NULL, logp = TRUE, annotatePval = NULL,
                     annotateTop = TRUE, main='DWStem')
QQ <- qq(gwasResults2$P, main='DWStem', pch = 24, cex=1, col="gold", bg="brown1", lwd=1, xlim=c(0,5), ylim=c(0,5)) #Run to create qqplot $P need to be there!

Total <- plot_grid(MH, QQ, labels = c("a", "b"), ncol = 2)

但显然我不能把它们放在一边，因为我得到了下一个错误：

plot_to_gtable(x) 中的错误：参数必须属于“ggplot”、“gtable”、“grob”、“recordedplot”类，或在调用时绘制到 R 图形设备的函数，但它是一个列表

知道如何解决它吗？先谢谢了！ :D

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 plot datagrid

【解决方案1】：

函数manhattan 和qq 生成基本图形，而不是网格图形。您需要使用基本图形方法进行布局。例如，使用可重现的数据，

par(mfrow=c(1,2))
manhattan(gwasResults, main = "a")
qq(gwasResults$P, main = "b")

生产

如果您的绘图使用网格图形（由grid、ggplot2 或lattice 生成），那么您的方法会奏效。如果有的使用网格，有的使用基本图形，可以将它们混合在同一个显示中，但这并不容易。请参阅 gridBase 和 gridGraphics 包。

编辑添加：

如果您安装了gridGraphics，那么将基本图形与网格图形混合起来实际上还不错。您只需将 MH 和 QQ 设置为生成图形的函数，而不是图形本身。例如，

MH <- function() { manhattan(gwasResults) }
QQ <- function() { qq(gwasResults$P) }
Total <- plot_grid(MH, QQ, labels = c("a", "b"), ncol = 2)

当您打印Total 时，您会得到：

这些图表已经失去了它们的 y 轴标签，但看起来还不错。

【讨论】：