使用 pheatmap 时裁剪的列标签答案

【问题标题】：Column labels cropped when using pheatmap使用 pheatmap 时裁剪的列标签
【发布时间】：2017-06-22 13:43:41
【问题描述】：

我正在使用 pheatmap (Documentation) 绘制热图。我正在以一种相当简单的方式绘制矩阵：

pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_col=7)

我的情节底部被切断了，所以我看不到底部的列名。它看起来像这样：

请注意，这不是热图。2。

我已经尝试了this question 和this question 的解决方案，以及我可以通过谷歌和此功能的文档找到的其他内容。

我尝试使用 par() 和 oma() 以及 cexRow 来增加边距。

margins=(x,y); par(mar=c(1,2,3,4)); par(oma=c(1,2,3,4))

对情节没有影响。

我需要这样做，以便在不减小绘图大小的情况下看到这些长列名称。我只想向下拉伸底部的边距。

【问题讨论】：

可重现的示例。我们应该能够重现您的错误/问题以帮助您。阅读我在另一个问题中提供的链接。
为什么在使用 pheatmap 时链接到有关 heatmap.2 的帖子？尤其是当您在帖子中强调这一点时。
@emilliman5 因为他之前的问题被标记为重复。附言downvoters，不要在没有任何评论的情况下投反对票。
@emilliman 是的，正如马苏德所说。其他帖子的人一直说已经有答案并链接到 heatmap.2 问题。所以我在这里指定，这样就不会再发生了。我以为我在标题中已经说得很清楚了，但显然不是。无论如何，我发现了这个问题并将其发布在下面，希望如果我在几年内遇到这个问题，我会看到这篇文章。你好未来的我！

标签： r plot pheatmap

【解决方案1】：

我想通了，希望将来如果有人遇到此问题，它会有所帮助。

当您使用 pheatmap 的 labels_col= 参数时会发生这种情况。在我的场景中，这是一个使用 DESeq2 的 RNA-seq 项目，有一个识别样本（列）的目标文件，但是对于我的列标签，我使用了不同的列，因此标签更容易理解，所以我使用了

labels_col=myThing$ThisOtherColumn

另一列，虽然实际上是一个包含字符和数字的字符串，但由于某种原因被读取为整数向量。所以解决办法是做

as.character(myThing$ThisOtherColumn)

只要你给 labels_col 一个字符向量，它就会自动调整列。

【讨论】：

这非常有用，谢谢。我认为它被解释为整数的原因是myThing$ThisOtherColumn 可能被编码为一个因子，R 在内部将其存储为整数。反正我就是这样。也许你可以编辑你的答案来解释这一点。

【解决方案2】：

pheatmap 使用网格图形，所以像 par() 这样的基本图形函数不会有效果。我发现手动调整参数cellheight 和cellwidth 可以帮助调整页面上热图的整体大小。或者以某种方式调整边距。

library(pheatmap)
dfr <- as.data.frame(t(data.frame(x=runif(10),y=runif(10),z=runif(10))))
md <- data.frame(cat1=sample(x=letters[1:4],10,replace=T),cat2=sample(x=letters[6:7],10,replace=T))
rownames(md) <- colnames(dfr)
pheatmap(dist(as.data.frame(t(dfr))),annotation_col=md,annotation_row=md)

pheatmap(dist(as.data.frame(t(dfr))),annotation_col=md,annotation_row=md,
         cellheight=15,cellwidth=15)

【讨论】：

一个相关的修复方法是将treeheight_row 和treeheight_col 调整为较低的值。

【解决方案3】：

我想详细说明一下rmf's answer。

关键问题是摆弄cellwidth 和cellheight 以及width 和height。前者改变了一个单元格占用了多少像素，后者改变了输出图像的大小。因此，如果您的绘图剪辑超出了图像的边缘，您可以减小像元大小或增加图像大小。

请注意，这只影响输出文件，而不影响您在 R 运行时看到的 R 绘图区域。

例子：

library(pheatmap)
set.seed(1)
data <- as.data.frame(matrix(rnorm(600), ncol=20))
rownames(data) <- paste(rownames(data), "looooong text")

那么……

# Doesn't fit on image
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_1.png",
         cellwidth = 20, cellheight = 20,
         width = 7, height=9.1)

# Change cell sizes, keep width/height fixed
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_2.png",
         cellwidth = 10, cellheight = 10, # <--- changed here
         width = 7, height=9.1)

# Change width/height, keep cell sizes fixed
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_3.png",
         cellwidth = 20, cellheight = 20,
         width = 9, height=10)   # <--- changed here

【讨论】：