有没有一种简单的方法可以使用 Windows 10 在 R Markdown 上运行 bash 脚本？答案

【问题标题】：Is there an easy way to run bash scripts on R Markdown, using Windows 10?有没有一种简单的方法可以使用 Windows 10 在 R Markdown 上运行 bash 脚本？
【发布时间】：2018-05-01 13:49:07
【问题描述】：

过去几个月我一直在学习 R Markdown。让 Anaconda Python 在 R Markdown 脚本中运行相当容易，但我还没有找到在同一个文档中运行大量 bash 代码的方法。

使用

```{bash}
echo hello world
```

我收到错误消息

/bin/bash: C:\Users\MyName\AppData\Local\Temp\Rtmp0MpNfS\chunk-code-4cbc213a3545.txt: 没有这样的文件或目录

你们中的任何人都知道这个问题的根源是什么吗？

【问题讨论】：

好问题。不幸的是，我认为 knitr 还不知道 WSL。
实际上，看起来 knitr 确实设法运行 bash。真正的问题是它试图处理的文件在 Windows 文件系统中，这与 bash 文件系统不同。
哦，好吧。你知道我如何让它表现得好像它在 bash 文件系统中一样吗？例如，这是 WSL Ubuntu 设法做到的。
我确实安装了 WSL，它对我有用。在 Windows 中启动 R（不是在 WSL 中）并输入 Sys.which("bash") 确实在我的系统上找到 bash 然后输入：library(rmarkdown); render("testbash.Rmd") 其中 testbash.Rmd 位于我启动 R 的当前目录中，并包含如图所示的 3 行问题对我有用，可以生成带有 hello world 的 testbash.html 文件。
完成。欢迎大家评论：github.com/rstudio/rstudio/issues/2724

标签： r rstudio r-markdown knitr windows-subsystem-for-linux

【解决方案1】：

我知道可能为时已晚，但我遇到了同样的问题，我找到了解决方案。

首先，在 Windows 8.1 中，或者如果您没有适用于 Linux 的 Windows 子系统 (WSL)，您可以安装 Cygwin：https://cygwin.com/ > 安装 Cygwin

这是 R Markdown: The Definitive Guide (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/) > 2.7 其他语言引擎 > 2.7.2 Shell 脚本中指出的建议

其次，将 Cygwin 添加到 PATH 中。通常 Cygwin 安装在 C:\cygwin64 中，在这种情况下，包含的路径将是 C:\cygwin64\bin

第三，在R中使用base::Sys.which("bash")检查一切是否正确

如果一切正确，它会显示类似"C:\\cygwin64\\bin\\bash.exe"

第四，您可以在 Rmarkdown 文档中运行，您指出要仔细检查的块：

```{bash}
echo hello world
```

【讨论】：