R中的BayesTree包图提取

Question

我在 R 中使用 BayesTree 包。使用作者的示例：

##simulate data (example from Friedman MARS paper)
f = function(x){
10*sin(pi*x[,1]*x[,2]) + 20*(x[,3]-.5)^2+10*x[,4]+5*x[,5]
}
sigma = 1.0 #y = f(x) + sigma*z , z~N(0,1)
n = 100 #number of observations
set.seed(99)
x=matrix(runif(n*10),n,10) #10 variables, only first 5 matter
Ey = f(x)
y=Ey+sigma*rnorm(n)

##run BART
set.seed(99)
bartFit = bart(x,y)
plot(bartFit) # plot bart fit

当 plot(bartFit) 执行时，它会生成两个图“绘图方法将 mfrow 设置为 c(1,2) 并制作两个图。”我希望只使用此命令生成的第二个图。有没有一种简单的方法可以只提取第二个情节？

这也是提供的：

## S3 method for class 'bart':
plot((
   x,
   plquants=c(.05,.95), cols =c('blue','black'),
   ...))

我对 R 比较陌生，一般来说，如果一个命令给出的情节多于 1 个，你怎么能选择一个你想要的特定情节？例如，在线性模型 (lm) 绘图命令中，您还可以获得多个绘图。

Answer 1

好的，我没有解决方案，但也许我正在做点什么。首先，我试图弄清楚bartFit 中的哪些列表元素被绘制在第二个图上。您可以使用str(bartFit) 查看 bart 的结构。似乎第二个情节是从$y 和$yhat.train.mean 创建的，当您查看它时似乎是正确的：

plot(bartFit$yhat.train.mean ~ bartFit$y)

但它显然缺少酒吧。所以我决定改变策略并traceback() 看看这些图是如何创建的。没有运气，直到我更改了 x-scale 的名称以强制出错。

plot(bartFit, xlab="something")

这只给了我第一个情节，错误消息，还可以traceback()。在那里，我可以看到第二个情节是使用以下内容创建的：

4: plot.default(x$y, qm, ylim = range(ql, qu), xlab = "y", ylab = "posterior interval for E(Y|x)", ...)
3: plot(x$y, qm, ylim = range(ql, qu), xlab = "y", ylab = "posterior interval for E(Y|x)", ...)

但这并不好。我不知道qm 是什么，或者ylim 范围从何而来。所以我开始玩par。在那里，我发现了使用par 参数mfg 来“强制”仅绘制第二个图的非常非常粗略的解决方案。这仍然会为一个情节留下空白空间，但不会绘制它。但它的行为也很奇怪。棘手的一个。

plot(bartFit)
par(mfg=c(1,2))
plot(bartFit)