在 data.frame 的所有列上使用 ggplot2 的 lm 函数答案

【问题标题】：Using ggplot2 for lm function on allcolumns in data.frame在 data.frame 的所有列上使用 ggplot2 的 lm 函数
【发布时间】：2014-05-01 07:42:37
【问题描述】：

我的数据如下图所示：

Fasting_glucose sample  Prevotella  Turicibacter    Mitsuokella Description
138 PCS119F 0.005782    0   0   Known_Diabetic
114 PCS119M 0.062654    0.000176    0.020358    New_Diagnosed
100 PCS11F  0.33044 0.000469    0.000352    New_Diagnosed
88  PCS120M 0.097811    0.000135    0   Normoglycemic
228 PCS125F 0.17703 0.000264    0.06429 Known_Diabetic
98  PCS127M 0.466902    0   0.011735    Normoglycemic
148 PCS130F 0.186682    0   0.000131    New_Diagnosed
233 PCS132F 0.003126    0   0   Known_Diabetic

我想使用lm 函数来绘制Fasting_glucose 与使用描述列作为分组变量的所有其他列之间的简单线性回归。

目前，我正在尝试使用以下脚本：

Prevotella<-ggplot(fasting.glucose, aes(Fasting_glucose, Prevotella)) +
geom_point() +
geom_smooth(method="lm")+ geom_point(aes(size = Fasting_glucose))+geom_point(aes(fill=Description, size=Fasting_glucose),  shape=21)+theme(panel.background = element_rect(fill='white', colour='black')) + theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())

但它一次只产生一个情节。

所以只想问如何应用lm 函数并一次为所有列绘制它。

【问题讨论】：

您需要指定您要查找的输出。有很多方法可以查看多个变量之间的拟合度。
我期望的输出是脚本应该返回一个包含多个散点图的单个图，其中包含所有列的回归线，如 Prevotella、Tuneribacter、Mitsuokella 等针对 Fasting_glucose 水平。
尝试添加+ facet_wrap( ~ Description)
facet_wrap(~Description) 根据描述列中的组来分离样本。但我仍然无法为所有列与 Fasting_glucose 列生成图。

标签： r

【解决方案1】：

您需要将数据设为tidy 才能与ggplot2 一起使用。这意味着加载reshape2 包并使用melt 函数。

library(ggplot2)
library(reshape2)

x <- read.table(text = "Fasting_glucose sample  Prevotella  Turicibacter    Mitsuokella Description
138 PCS119F 0.005782    0   0   Known_Diabetic
114 PCS119M 0.062654    0.000176    0.020358    New_Diagnosed
100 PCS11F  0.33044 0.000469    0.000352    New_Diagnosed
88  PCS120M 0.097811    0.000135    0   Normoglycemic
228 PCS125F 0.17703 0.000264    0.06429 Known_Diabetic
98  PCS127M 0.466902    0   0.011735    Normoglycemic
148 PCS130F 0.186682    0   0.000131    New_Diagnosed
233 PCS132F 0.003126    0   0   Known_Diabetic", header = TRUE)

y <- melt(x, id.vars = c("Fasting_glucose", "sample", "Description"))

ggplot(y, aes(Fasting_glucose, value, colour = Description)) + geom_point() +
geom_smooth(method = "lm") + facet_wrap(~ variable)

【讨论】：

我猜 OP 想做facet_wrap(Description~variable) 但否则这种方法是正确的
谢谢你，nacnudus，它按照我想要的方式工作。我想知道是否可以将 R 值添加到每个图中？
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