【问题标题】:RStudio does not see some directories on server clusterRStudio 在服务器集群上看不到某些目录
【发布时间】:2018-05-22 14:27:27
【问题描述】:

在集群上的 RStudio 中工作,我的主目录(即工作目录)中的文件和目录是可见且可访问的,但另一个目录(项目目录,更大的存储空间,我确实具有读/写访问权限)在导航窗格中不可见,并且不能设置为工作目录。

我在主文件夹中创建了指向此目录的符号链接,但 RStudio 也看不到此文件夹。

主目录空间有限,所以我不能简单地将我的数据文件放入其中。有什么建议吗?

编辑:问题已得到解决。不幸的是,这些信息并不是特别有启发性。我们的集群 IT 人员与 RStudio 开发人员聊天,并被告知 RStudio 服务器不遵循符号链接目录,这是一个设计决定。 R -vs- RStudio -vs- RStudio Server(Web 界面)的行为都略有不同,尽管后两种产品的核心代码库相似。

【问题讨论】:

    标签: r rstudio cluster-computing rstudio-server


    【解决方案1】:

    我不知道执行此操作的正确方法,但作为一种解决方法,您可以在 R 控制台中使用:

    setwd("<directory>")
    

    然后单击Console 窗格中文件夹名称旁边的小箭头

    或在Files 窗格中使用More -&gt; Go To Working directory

    【讨论】:

    • 感谢您的回复。问题是我有一个我知道存在的目录,我可以在浏览器或命令行中导航到,但 R 无法识别,所以我无法将其设置为工作目录。我试图追查为什么 R 看不到目录。我已经在 cmd 行的 RStudio 和 R 中尝试过了。
    • @PhilGordon 有趣。在此目录中使用setwd 时是否收到任何错误消息?
    • 是的,错误是:文件中的错误(文件,“rt”):无法打开连接另外:警告消息:在文件中(文件,“rt”):无法打开文件'/ cluster/folder/2799_Simple.csv':没有这样的文件或目录,这来自于尝试打开文件,同样尝试 setwd 到该文件夹​​表示不存在目录。
    • @PhilGordon 好的。我从您的编辑中看到,链接不起作用是预期的行为。当您使用实际目录而不是链接时,我的技巧是否有效?
    • 最初并没有,尽管我们集群中的 IT 人员必须更改了一些有关目录的内容(他们出于某种原因不愿意告诉我什么),这使得 Rstudio 现在可以查看文件夹, setwd 在控制台中工作。再次感谢您的回复和关注!很抱歉,我无法给出更令人满意的解释。
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