【问题标题】:Installing R packages on Windows 7在 Windows 7 上安装 R 包
【发布时间】:2013-05-21 16:10:45
【问题描述】:

在 Windows 7 x64 上,我安装了 3.0.0 版的 R。此外,我还将环境变量 R_LIBS_USER 设置为指向网络驱动器。在rgui.exe中,执行:

Sys.getenv("R_LIBS_USER")

输出与我之前在上面设置的相同的值。同样来自 R,将软件包安装到 R_LIBS_USER 指向的个人库中工作正常。到目前为止,一切顺利。

安装 0.97.551 版本的 RStudio 后,通过 RStudio 执行上述相同的代码也会输出相同的值(如预期的那样)。但是,在 RStudio 中,我尝试将软件包安装到个人库中失败了。错误消息实际上表明 RStudio 无法写入由 R_LIBS_USER 定义的个人库。

在发布到 stackoverflow 之前,我查看了 RStudio 的支持论坛 (http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/4608-change-personal-library-for-installing-packages),其中管理员指出问题与 R 而不是 RStudio 有关。管理员继续引用代码生成的 RStudio 文档

?.libPaths

在 RStudio IDE 中。管理员还通过链接http://support.rstudio.org/help/kb/troubleshooting/getting-help-with-r 提供更多指导。

查看 IDE 生成的文档和论坛链接后,我确定我的环境设置正确。然而,RStudio 仍然失败。

有没有人能够让 RStudio 个人库在默认文件系统位置以外的位置工作?

我应该再澄清一下我的需求。此应用程序最终将部署到的环境禁止普通用户以管理员身份运行 RStudio,因此将重点放在 R_LIBS_USER 个人库上。所以虽然我知道这会奏效,但对我来说这不是一个现实的选择。

我需要让 RStudio 专门写入 R_LIBS_USER 而不是尝试也写入 R_HOME(我认为它实际上正在尝试做的假设。)

【问题讨论】:

  • 尝试以管理员身份运行 RStudio。我有类似的问题;我最终重新安装了 RStudio,擦除了我的库并从头开始,并始终以管理员身份运行 RStudio(您可以在其属性中进行设置)。
  • 感谢您的评论 shujaa。但最终将使用此应用程序的环境禁止普通用户进行管理员访问,因此将重点放在 R_LIBS_USER 个人库上。

标签: r package rstudio personalization


【解决方案1】:

.Rprofile 中添加一行.libPaths("~/your-lib-path-here") 并重新启动R。.libPaths() 让您可以读写默认库集。

或者,如果您可以控制安装命令(即,您需要您的库可用,但不必是默认库),大多数 R 命令(例如 install.packages)都有一个 lib 参数,可以让您手动指定要安装到的库。

您可以考虑使用 R 包管理系统,例如 Packrat,它可以自动将应用程序的依赖项安装到私有库中,而无需您手动设置。 (完全公开,我是这个包的贡献者。)它在 RStudio 下工作。

【讨论】:

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