在包中设置一个 .Rmd 以将文件写入当前项目工作目录答案

【问题标题】：Set an .Rmd in a package to write files to the current project working directory在包中设置一个 .Rmd 以将文件写入当前项目工作目录
【发布时间】：2025-12-22 03:25:12
【问题描述】：

我有一个.Rmd，我用它来报告许多不同 r 项目中的数据质量。然后，它将拆分数据以删除具有缺失数据的子集，并在适当的地方插入缺失的结果。它会通过 write.csv 命令以“./Cleansed_data/”的形式写入文件路径

举个例子

打开rstudio
进入 rhs 的“项目”菜单，选择并新建一个随心所欲地进行项目
转到 lhs 的“新脚本”下拉菜单并选择“新的 .Rmd”
将输出更改为 .pdf 并点击确定
在最后 r 块包括write.csv(mtcars, file = "mtcars.csv")
打'针织 pdf' 按钮，将报告另存为"writeFile.Rmd" 到您的项目工作目录，然后让它运行。

以前我将这个 .Rmd 从一个地方移动到另一个地方，但是现在我想将它构建到一个内部包中。我已将它（如文档所示）包含在包目录中的 inst/rmd 中。

为了执行此构建或打开您有权访问的任何包
将文件添加到inst/rmd（如果不存在则创建）
重建包

然后我重建包并打开一个新项目。我加载我的新包并尝试通过render 命令运行文档，使用system.file 命令来定位.rmd，就像这样

rmarkdown::render(input = system.file("rmd/writeFile.Rmd", package="MyPackage"), 
              output_file = "writeFile.pdf", output_dir = "./Cars/)

这会将来自包构建的报告呈现到来自output_dir 的文件夹中，但是，这里有许多陷阱。首先，如果我省略output_dir 参数，报告将呈现到包库中，通常位于安装在c 盘中的库r 中。不过这是可以修复的。

我无法解决的是，当.Rmd 命中write.csv() 时（我相信）当时正在在包环境中呈现 .Rmd，其工作目录是包库文件夹，而不是当前项目目录。

问题

如何告知包中的模板 rstudio 项目的当前工作目录是什么？我隐约知道可能有一个 rstudio api 包？我几乎不知道它是什么，或者这是否会提供解决方案。
如果这完全不可能，或者可能只是一个非常糟糕的主意，我该如何修改工作流以成功地将多个 r 对象输出检索到环境或工作目录中，调用报告，而不必为每个不同的项目修改报告？此外，为什么这种方法特别糟糕？

【问题讨论】：

所以我有一个实用的解决方案。在.rmd：write.csv(mtcars, file = paste0(rstudioapi::getActiveProject(), "mtcars.csv"))。我会把这个问题留一段时间，以便收集更多的方法/警告。
不确定我是否了解了所有详细信息，因此这是评论而不是答案：您可以在致电 render 之前保存工作目录 wd<-getwd()。 wd 将在 RMD 文件中可用。在那里，您可以使用knitr::opts_knit$set(root.dir = wd) 更改所有块的工作目录。你的包可以包含一个render 的包装器，负责将工作目录保存到wd。
谢谢@CL。不需要 rstudioapi 或 R Studio 环境的不错的替代方案。
我不认为有什么对错，但这只是我的选择：我选择 Rmd 文件（或任何 knitr 源文件）作为“宇宙中心”，意思是任何路径都相对于 Rmd 的路径。有些人可能会争辩说当前 R 会话的工作目录是“宇宙中心”。我明白这一点，但我个人的选择是当我在 Rmd 文档中时，我所有关于路径的推理都将从那里开始。这确实是一个很难做出的选择。两种选择各有利弊。然后我还是提供了opts_knit$set(root.dir)，希望用户不会真的需要它。
感谢@Yihui 的分享。另外，感谢knitr。这是我每天都在使用的出色作品。

标签： r packages knitr environment

【解决方案1】：

为了关闭这个：

我已选择将 .Rmd 包含在包中。 .Rmd 需要移动并使用包进行版本控制，因为它包含它们用于运行的功能。

为了满足我的要求，我通过表单中的 rstudio api 设置文档样式以获取工作目录。

write.csv(mtcars, file = paste0(rstudioapi::getActiveProject(), "mtcars.csv"))

已经测试了@CL 的答案，它也可以运行并且不依赖于 Rstudio 作为 IDE，但是我知道这些文档会

始终通过 rstudio IDE 访问
始终从特定项目中访问
我担心（尽管尚未测试）将文件的工作目录设置为人工引导到不同的 WD 可能会产生其他影响。这可能是我以后可能想要包含的子文档之类的东西，或者可能需要与包安装的文件路径相关的其他代码，而不是项目。这样，我认为（如果我正确地解释了 Yuhui）r doc 仍然是它自己宇宙的中心。它只是将它的数据写入另一个 :)

【讨论】：