【问题标题】:cannot suppress all library loading messages in R markdown无法抑制 R markdown 中的所有库加载消息
【发布时间】:2020-06-24 19:58:05
【问题描述】:

我已经为这个确切的问题搜索了 stackoverflow,但似乎没有一个解决方案可以为我解决这个问题:我无法将所有库加载消息都抑制在一个块中。

代码很简单:

library(reshape2)
library(ggplot2)
library(cowplot)
theme_set(theme_cowplot())
library(viridis)
library(vegan)
library(dplyr)

降价输出为:

##
## Attaching package: ’gridExtra’
## The following object is masked from ’package:dplyr’:
##
## combine
##
## Attaching package: ’MASS’
## The following object is masked from ’package:dplyr’:
##
## select

我还尝试包含message=FALSEwarning=FALSEinvisible()library() 选项quietly=TRUE,但无济于事。我错过了一些完全明显的东西吗?任何帮助表示赞赏。

编辑:我也尝试添加 warn.conflicts = FALSE 并悄悄地添加到 library() 并在库加载周围也 suppressPackageStartupMessage()。

如果有帮助,当我运行代码块时,我注意到这些消息没有出现在我的控制台中——它们似乎只出现在 pdf 降价中。

【问题讨论】:

  • 尝试将results='hide',warning=FALSE,echo=FALSE,message=FALSE 添加到您的块中!
  • 所有代码块文本输出选项均为here。也许它可以帮助
  • 谢谢,尝试添加这些,但还是不行;以上消息仍在显示中。
  • 如果以上所有方法都不起作用,您将不得不蛮力。即使用suppressPackageStartupMessages 函数对上述所有内容,例如suppressPackageStartupMessages(library(reshape2))

标签: r r-markdown


【解决方案1】:

你想要include = FALSE的选项:

```{r include = FALSE}
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(cowplot)
theme_set(theme_cowplot())
library(viridis)
library(vegan)
library(dplyr)
```

【讨论】:

  • 我已经有 include = FALSE(抱歉之前没有显示)并且消息仍然显示。
  • 这真的很奇怪。如果您编织成 html 格式,该消息是否也会显示?
  • 谢谢 Jrm_FRL,你是对的,这会很奇怪,但我发现这是我自己的用户错误(见我上面添加的帖子)。谢谢你的帮助。我不确定如何结束我的问题?
【解决方案2】:

抱歉跑偏了!我终于发现了用户错误——后来在我的 markdown 文件中的某个地方,我正在寻找另一个 R 脚本,它正在加载库而不是对此保持沉默。很抱歉并感谢您提供的所有意见。

【讨论】:

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