抑制 knitr/Rmarkdown 中 hclust 的错误消息并将输出分配给变量答案

【问题标题】：Suppressing error message for hclust in knitr/Rmarkdown and assign output to variable抑制 knitr/Rmarkdown 中 hclust 的错误消息并将输出分配给变量
【发布时间】：2015-11-23 16:42:02
【问题描述】：

我正在尝试使用 hclust 对我的数据进行聚类并使用 Rmarkdown 打印到 html。

当我从控制台或在 .Rmd 中调用 hclust 时，集群会完全按照我的意愿进行。但另外，我收到错误消息：

must have n >= 2 objects to cluster

我可以强制 knitr 使用error=TRUE 继续处理，但错误存在且未分配值。

tree = hclust(dist(t(sample_matrix), method = "euclidean"), method = "complete")

我想进一步处理对象tree 我还尝试使用try(...,silent=TRUE)“修复”错误。只要我不需要分配返回值，它就可以工作。另外tryCatch 似乎对此没有帮助（如果我错了，请纠正我）。

如何在我的 Rmarkdown 中隐藏此错误消息？

【问题讨论】：

检查 this 可能会有所帮助

标签： r r-markdown

【解决方案1】：

我试过tryCatch，它似乎工作。

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title: "Untitled"
author: "Roman Luštrik"
date: "23. november 2015"
output: html_document
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```{r}
x <- tryCatch(simpleError("eror mesiđ"), error = function(e) e)
```

```{r}
plot(runif(100), runif(100))
```

【讨论】：

谢谢，@Roman Luštrik，这不是问题所在。函数调用以错误结束，但我需要进一步使用此函数返回的值。在控制台中，一切都可以无缝运行。
@Jelena-bioinf 你可以让tryCatch 返回你想要的任何东西（除了真实的结果，好像没有发生错误，显然）。