【问题标题】：How to configure arara to post process .Rnw files in statet / Eclipse如何配置 arara 在 statet / Eclipse 中发布处理 .Rnw 文件
【发布时间】：2018-01-02 10:37:47
【问题描述】：

我想使用arara 对从 R 中的 Sweave (.Rnw) 文档生成的 .tex 文件进行后期处理，并使用它在报告中构建词汇表或参考书目。您如何将其集成到statet eclipse 插件中？

arara 头文件放在 .Rmd 文件的顶部，将被处理为 .tex 文件，如下所示。

% arara: pdflatex:  { action: nonstopmode, synctex: True }
% !arara: bibtex
% arara: makeglossaries
% !arara: pdflatex: {action: nonstopmode, synctex: True }
% !arara: pdflatex: {action: nonstopmode, synctex: True }
\documentclass{article}
\usepackage{glossaries}
\newglossaryentry{salmon}{name={salmon},description={Anadromous migratory fish}}
\newglossaryentry{eel}{name={eel},description={Catadromous fish of the genus
anguilla}}
\makeglossaries
\begin{document}
An example for \gls{salmon} and \gls{eel}
\printglossary[numberedsection]
\end{document}

这样我就可以运行 bibtex 和 makeglossaries 命令。现在我想将该命令集成到 statet IDE 中。

【问题讨论】：

标签： r eclipse knitr tex statet

【解决方案1】：

为 Eclipse 配置 Arara。

转到工具按钮（见下文）> 外部工具配置

然后点击程序 > 新建

并配置arara如下：

然后创建一个示例代码。您的 .Rnw 文件或乳胶文件的第一行必须包含 % arara: 和命令。下面我首先使用 pdflatex 构建文件，然后使用 bibtex 和 makeglossary，最后我重新运行 pdflatex 两次以获得完整的文档。您只需输入!arara:即可避免一步。

这是一个示例，它使用\gls{}commands 来表示词汇表，\cite{} 命令用于 bibtex。 R 代码只是为了表明这是一个 .Rnw 文档。

% arara: pdflatex:  { action: nonstopmode, synctex: True }
% arara: bibtex
% arara: makeglossaries
% arara: pdflatex: {action: nonstopmode, synctex: True }
% arara: pdflatex: {action: nonstopmode, synctex: True }

arara.Rnw：

% arara: pdflatex:  { action: nonstopmode, synctex: True }
% arara: bibtex
% arara: makeglossaries
% arara: pdflatex: {action: nonstopmode, synctex: True }
% arara: pdflatex: {action: nonstopmode, synctex: True }
\documentclass{article}
\usepackage{glossaries}
\newglossaryentry{knitr}{name={Knitr},description={A package for reproducible
research}} 
\newglossaryentry{latex}{name={Latex},description={A typesetting program}}
\newglossaryentry{arara}{name={Arara},description={TeX automation tool based on
rules and directives.}}
\makeglossaries
\begin{document}

<<get_citation, echo=FALSE, eval=FALSE >>=
print(citation("knitr"),bibtex=TRUE)
@

This short reproducible example demonstrates how to use the \gls{arara}
\gls{latex} tool with a \textbf{Sweave} document, using eclipse and \gls{knitr}. 
For demonstration we will  include a bibliography using \cite{knitr_2017} and
\cite{knitr_2015}.

\printglossary[numberedsection]
\bibliographystyle{plain}
\bibliography{arara}
\end{document}

arara.bib：

@Book{knitr_2015,
    title = {Dynamic Documents with {R} and knitr},
    author = {Yihui Xie},
    publisher = {Chapman and Hall/CRC},
    address = {Boca Raton, Florida},
    year = {2015},
    edition = {2nd},
    note = {ISBN 978-1498716963},
    url = {https://yihui.name/knitr/},
  }  

@Manual{knitr_2017,
    title = {knitr: A General-Purpose Package for Dynamic Report Generation in R},
    author = {Yihui Xie},
    year = {2017},
    note = {R package version 1.17},
    url = {https://yihui.name/knitr/},
  }

第一次运行 .Rmd 时，不会构建参考书目和词汇表。

所以你要做的就是移动 LATEX 文件并点击 cmd 按钮 arara

最后你得到了用参考书目和词汇表构建的文档，如果你需要更新参考书目和词汇表，重新运行 arara 过程，否则只需运行 knitr 命令，就会构建 pdf。

【讨论】：