最近更新了 R/RStudio，rJava 无法加载。

Question

我最近将 R 更新到 3.4 并将 RStudio 更新到其 RStudio v1.0.143 预览版，以便它与 R 的图像更新和绘图兼容，但现在我在尝试加载 rJava 或需要的包时遇到问题它。如下：

Loading required package: rJava
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
 call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
Referenced from: 
 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package ‘rJava’ could not be loaded

我目前正在运行 MacOSX 10.12.4 Sierra

非常感谢任何有关如何解决此问题的帮助。

Answer 1

正如@mko 已经指出的那样，macOS/R/rJava 的混合是一团糟，尽管它非常有用。我一直在为每个版本的几个版本争论这个问题，无论你多么小心，它似乎都会定期再次咬人。也就是说，有很多事情要记住：

• 您需要安装 JDK，而不仅仅是安装 JRE。
• 如果不使用已弃用的 Apple 版本的 Java 1.6，R 的 javareconf 脚本将无法正确处理 libjvm.dylib 的位置。
• 最好使用最新的 JDK 版本以从最新的安全增强功能中受益。
• R 的javareconf 脚本在升级到新的 Java 版本后无法重新配置 R 正确；它需要重新安装 R 才能正确完成。

所以，记住这些：

• 安装/更新 JDK。
• 最好为您计划使用的任何 JDK 安装（通常在 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 中）正确设置 JAVA_HOME。
• 如果尚未安装 XQuartz，请安装（如 @mko 所述）。
• （重新）安装 R（以允许针对新的 Java 安装进行正确的 R 配置。
• 使用自定义参数运行 javareconf 脚本，让它针对现代 JDK 进行配置。
• 将 Java 运行时链接到 R 的库文件夹即可找到它。

对 javareconf 的自定义调用只是终端中的几行代码： 首先，确保 JAVA_HOME 已按要求设置：

# Make sure JAVA_HOME is set as required.
export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)}
# Obtain location of Java runtime library.
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
# Reconfigure R using custom call to javareconf script.
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
# Link Java runtime to R library folder so it can be found.
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

现在您应该可以启动 R 并安装 rJava 了。

如果您使用的是 R 的 Homebrew 安装（需要使用 --with-java 选项安装），请使用此行来链接 Java 运行时：

ln -fs "$LIBJVM" "$(brew --prefix r)/lib"

该过程需要 macOS 上的管理员权限（除非 R 是通过 Homebrew 安装的）。 R 包安装程序授予对各种文件的管理员权限，因此幸运的是，不需要sudo。作为参考，我最近也在这个问题上写了一个简短的article。

Answer 2

rJava、R、Java 和 macOS 是一团糟。

您可以尝试从源代码重建 rJava。

确保重新配置 Java。由于 javareconf 在涉及 macOS 和 JAVA 时做出了许多强有力的假设（其中之一是，只要您在 JAVA_HOME 变量中有“Home”字样，它就会假设您要使用系统范围的 Java - 不太好想法），你需要：

• 在 JDK 中创建“人工”主页，例如

  cd /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_11.jdk/Contents ln -s Home RHome

• 将 RHome 导出为 JAVA_HOME

  export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_11.jdk/Contents/RHome

使用大量开关运行 javareconf，这些开关将使 gcc 使用基于 JNI 的代码编译

`sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=${JAVA_HOME} JAVA=${JAVA_HOME/bin/java JAVAC=${JAVA_HOME}/bin/javac JAVAH=${JAVA_HOME}/bin/javah JAR=${JAVA_HOME}/bin/jar JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/jre/lib/server JAVA_CPPFLAGS="-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin"`

下载 rJava 包并尝试手动重建它（在 R 之外）

https://cran.r-project.org/web/packages/rJava/index.html

> curl https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz -o rJava_0.9-8.tar.gz
> tar zxf rJava_0.9-8.tar.gz
> cd rJava
> ./configure

如果通过，启动 R（在您设置 env 的同一控制台中）

> install.packages("rJava", type="source")

请注意，对于杂乱无章的 Java 安装（Apple 的 JRE、Oracle 的 JDK），您可能需要首先正确设置 Java 环境。您可能需要一些“肮脏”的技巧，在 JRE 中从 JDK 链接 javac、javah 和 jar。一旦./configure 抱怨缺少命令，您就会知道何时需要这样做。

也可能需要更新文件

`/usr/libexec/java_home`/../Info.plist

并确保您的 JVM 可以处理 JNI。你需要改变：

<key>JVMCapabilities</key>
<array>
  <string>CommandLine</string>
</array>

到

<key>JVMCapabilities</key>
<array>
  <string>CommandLine</string>
  <string>JNI</string>
</array>

经过一番努力，您可能会使其正常工作。但是，它确实取决于系统。很大程度上取决于您拥有的 R 版本、是否安装了 JDK 以及您的默认 JVM 是什么。

注意！

rJava 需要 XQuartz 进行编译，请务必安装它

https://www.xquartz.org