rJava 安装 ld:library not found for -lpcre2-8答案

【问题标题】：rJava installation ld:library not found for -lpcre2-8rJava 安装 ld:library not found for -lpcre2-8
【发布时间】：2021-12-12 21:27:59
【问题描述】：

尝试使用 rJava 并让它使用 java 版本 11。

目前它使用我以前安装的版本 17。

当我运行R CMD javareconf 时，大多数设置看起来都是正确的。

Java interpreter : /Users/adam/.jenv/shims/java
Java version     : 11.0.13
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/zulu11.52.13-ca-jdk11.0.13-macosx_aarch64/zulu-11.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /Users/adam/.jenv/shims/javac
Java headers gen.: /Users/adam/.jenv/shims/javah
Java archive tool: /Users/adam/.jenv/shims/jar
...

但当我打电话给rJava::.jcall("java.lang.System","S","getProperty","java.version") 时，我仍然得到版本 17。

因此，我尝试从源代码重新安装 rJava。当我这样做时，安装会将 Java 11 识别为要使用的“默认”Java 安装，但我的 cpp 编译器遇到了问题，因为我看到了错误

ld: library not found for -lpcre2-8
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

当我运行install.packages("rJava",type="source")。

其他问题（1,2,3）有类似的问题，但我尝试复制链接器库的安装，libpcre2-dev libbz2-dev zlib1g-dev 建议给 ubuntu 用户对我不起作用 - 我有无法找出如何以 Mac 用户身份安装该库。此外，我不确定在这种情况下是否正确设置了“链接”。

问题我如何/在哪里可以找到并安装下面指定的 mac 版本的 -lpcre2-8 包，并确保为 rJava 编译提供适当的链接？

详情我正在使用 Rstudio v1.4.1717 开发 Mac OS v12.0.1（M1 芯片）、R v.4.1.2 来运行 R。

【问题讨论】：

标签： c++ r rjava

【解决方案1】：

首先，重新编译不会有任何效果。 macOS 上使用的 Java 版本受以下约束：

JAVA_HOME 环境变量
系统 Java 选择（参见/usr/libexec/java_home）

通常，JAVA_HOME 未设置，因此使用您的 macOS 系统设置。您可以使用 /usr/libexec/java_home -V 查看已安装的 Java 版本，包括已选择的版本：

$ /usr/libexec/java_home -V
Matching Java Virtual Machines (2):
    17, x86_64: "Java SE 17"    /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-17.jdk/Contents/Home
    1.8.0_252, x86_64:  "AdoptOpenJDK 8"    /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-8.jdk/Contents/Home

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-17.jdk/Contents/Home

如果要更改默认值，可以将JAVA_HOME 设置为首选值。例如：

## use Java 1.8
$ JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 1.8` Rscript -e \
  'print(rJava::J("java.lang.System")$getProperty("java.version"))'
[1] "1.8.0_252"

## use Java 17
$ JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 17` Rscript -e \
  'print(rJava::J("java.lang.System")$getProperty("java.version"))'
[1] "17"

其次，如果您想重新编译 rJava，您将需要用于构建 R 的所有库。对于 CRAN R 构建，https://mac.r-project.org/bin/ 提供了这些库，但我不建议您去那里，除非您想修改 rJava。您可以通过不编译 JRI（在 Java 中嵌入 R）支持让您的生活更轻松，即添加 --disable-jri，因为它需要 R 使用的库。只是 rJava 包本身不需要它。

最后，在支持页面rJava Discussion 上提问通常要快得多。

【讨论】：