正确的 R Markdown 代码组织

Question

我一直在阅读 R Markdown（here、here 和 here）并使用它来创建可靠的报告。我想尝试使用我正在运行的小代码进行一些临时分析，并将它们转化为更具可扩展性的数据报告。

我的问题相当广泛：有没有合适的方法来围绕 R Markdown 项目组织代码？比如说，有一个脚本可以生成所有数据结构吗？

例如：假设我有cars 数据集，并且我引入了制造商的商业数据。如果我想将制造商附加到当前的 cars 数据集，然后使用操纵数据集 cars.by.name 为每个公司生成单独的汇总表，并使用 cars.import 绘制某个样本怎么办？

编辑：现在我打开了两个文件。一种是具有所有数据操作的 R 脚本文件：子集和重新分类值。另一个是 R Markdown 文件，我在其中构建文本以伴随各种表格和感兴趣的图。当我从 R 脚本文件中调用一个对象时——比如：

```{r}
table(cars.by.name$make)
```

我收到一条错误消息，提示 Error in summary(cars.by.name$make) : object 'cars.by.name' not found

编辑 2： 我发现这个旧线程很有帮助。 Link

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title: "Untitled"
author: "Jeb"
date: "August 4, 2015"
output: html_document
---


This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
table(cars.by.name$make)
```  

```{r}
summary(cars)
summary(cars.by.name)
```

```{r}
table(cars.by.name)
```   
You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
plot(cars.import)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

Answer 1

这类问题有一个解决方案，解释了here。

基本上，如果您有一个包含代码的 .R 文件，则无需重复 .Rmd 文件中的代码，但您可以包含 .R 文件中的代码。为此，代码块应在 .R 文件中命名，然后可以按名称包含在 .Rmd 文件中。

test.R:

## ---- chunk-1 ----
table(cars.by.name$make)

test.Rmd

仅在 .Rmd 文件顶部一次：

```{r echo=FALSE, cache= F}
knitr::read_chunk('test.R')
```

对于您包含的每个块（将 chunk-1 替换为 .R 文件中该特定块的标签）：

```{r chunk-1}
```

请注意，它应该留空（原样），并且在运行时，来自 .R 的代码将被带到这里并运行。

Answer 2

很多时候，我有很多报告需要运行带有略微不同参数的相同代码。分别调用我所有的“统计”函数，生成结果然后只是引用是我通常做的。这样做的方法如下：

---
title: "Untitled"
author: "Author"
date: "August 4, 2015"
output: html_document
---

```{r, echo=FALSE, message=FALSE}
directoryPath <- "rawPath" ##Something like /Users/userid/RDataFile
fullPath <- file.path(directoryPath,"myROutputFile.RData") 
load(fullPath)
```

Some Text, headers whatever

```{r}
summary(myStructure$value1) #Where myStructure was saved to the .RData file
```  

您可以使用save.image() 命令保存 RData 文件。

希望有帮助！