在没有 Rprofile.site 的情况下从 .libPaths() 中永久删除一个库

Question

如何在 R 中永久删除库？

.libPaths()
[1] "\\\\per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"
[2] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"                                            
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"     

第一项是我的公司“我的文档”文件夹，当在我正在制作的软件包上使用 R CMD INSTALL --build 时，我姓氏路径中的撇号会导致各种悲伤，更不用说使用已安装软件包的问题了当我从网络中脱机时在那里。

我想使用C:/Program Files/R/R-2.15.2/library 作为默认值，但我不想依赖Rprofile.site。

我尝试过的

> .libPaths(.libPaths()[2:3])
> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

这似乎有效，但只有在我重新启动我的 R 会话，然后我回到原来的 .libPaths() 输出...

Restarting R session...

> .libPaths()
[1] "\\\\per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"
[2] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"                                            
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

我想也许.libPaths() 正在使用R_LIBS_USER

> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1] "//per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"

所以我尝试使用 Sys.unsetenv("R_LIBS_USER") 取消设置它，但它不会在会话之间持续存在。

附加信息

如果重要的话，这里有一些可能相关的环境变量...

> Sys.getenv("R_HOME")
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2"
> Sys.getenv("R_HOME")
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2"
> Sys.getenv("R_USER")
[1] "//per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell"
> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1] "//per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"
> Sys.getenv("R_LIBS_SITE")
[1] ""

我试过 Sys.unsetenv("R_LIBS_USER") 但这也不会在会话之间坚持

Answer 1

只需将 Windows 中的环境变量 R_LIBS 设置为类似

R_LIBS=C:/Program Files/R/R-2.15.2/library

重启R。

Answer 2

这对问题的回答有点晚，但可能对其他人有用。 我命令设置自己的路径（并删除其中一条原始路径）：

• 在R中使用.libPaths()检查当前库路径；
• 确定要保留哪些路径。就我而言，它保留了 R 的原始库，但删除了指向我的文档的链接。
• 使用R.home() 或Sys.getenv("R_HOME") 找到R-Home 路径；
  • R-Home\R-3.2.2\etc\Rprofile.site 在每次 R 内核启动时读取。因此，任何修改都将持续到 R 的每次运行。
• 编辑Rprofile.site，添加以下内容，

.libPaths(.libPaths()[2]) .libPaths("d:/tmp/R/win-library/3.2")

它是如何工作的？

• 第一行删除除了一个路径（原始列表中的第二个）之外的所有路径，第二行添加了一个附加路径。我们最终有两条路。
• 请注意，尽管使用 Windows，但我使用 Unix 路径表示法。 R 始终使用 Unix 表示法，与操作系统无关
• 重新启动 R（使用 Ctr+Shift+F10）

现在每次都可以使用。

Answer 3

在.Rprofile中使用这个函数

set_lib_paths <- function(lib_vec) {
  lib_vec <- normalizePath(lib_vec, mustWork = TRUE)
  shim_fun <- .libPaths
  shim_env <- new.env(parent = environment(shim_fun))
  shim_env$.Library <- character()
  shim_env$.Library.site <- character()
  environment(shim_fun) <- shim_env
  shim_fun(lib_vec)
}
set_lib_paths("~/code/library") # where "~/code/library" is your package directory

原文来源：https://milesmcbain.xyz/hacking-r-library-paths/

Answer 4

我已将Sys.unsetenv("R_LIBS_USER") 命令放入我的Windows "own documents" 文件夹中的.Rprofile 文件中。似乎有帮助。我的问题是，在通过 vpn 连接时，处于活动目录环境中的 R 新贵和包加载速度非常慢。

Answer 5

如果您想在RProfile 文件（@library/base/R/）中执行此操作，您可以搜索设置了R_LIBS_* 环境变量的行（例如Sys.setenv(R_LIBS_SITE=....) 和Sys.setenv(R_LIBS_USER=.....)） 也可以搜索代码.libPaths()，设置库树。因此，您可以根据需要在.libPaths() 调用之前通过注释、取消设置和设置R_LIBS 变量来实现您的目标。例如比如：

Sys.unsetenv("R_LIBS")
Sys.unsetenv("R_LIBS_USER")
Sys.setenv(R_LIBS_SITE = "D:/R/libs/site")
Sys.setenv(R_LIBS_USER = "D:/R/libs/user")
Sys.setenv(R_LIBS = "D:/R/libs")