创建十六进制图

Question

我正在尝试创建一个如下图第三列所示的图形：

Link for the image 用于备份。

基本上我有 200 个粒子的 x 和 y 位置，并且我有这 200 个位置的 MSD 数据。我希望 MSD 是应该确定坐标(x,y) 中粒子的颜色图的值。所以MSD应该像高度，或者(x,y)中每个粒子对应的z位置。

我对自己的无能感到惊讶，因为过去几天我一直在尝试解决这个问题，但 Google 搜索都没有给我任何结果。我发现最接近的是 Matlab 和 R 中的“自组织图”概念，但我不知道如何使用 R 和 Matlab 的 SOM 工具箱对我的需求非常有用。

我在 Matlab 中尝试了以下代码，结果得到了附图：

clear all; close all; clc;

x = (dlmread('xdata.dat'))'; % x is 1x200 array
y = (dlmread('ydata.dat'))'; % y is 1x200 array 
msd = (dlmread('msd_field.txt'))'; % msd is 1x200 array

[X,Y] = meshgrid(x,y);
Z = meshgrid(msd);
z = [X; Y; Z]; 
surf(z)

但我认为这个情节根本没有用。我想要的是一个描绘粒子位置的(x,y) 的二维散点图，并且在该颜色代码的顶部，这个散点图以及存储在 msd 中的值就像我在开始时显示的图一样。如何通过 Matlab 或任何其他可视化工具创建它？提前谢谢你。

Answer 1

不清楚你想要什么。这里是使用ggplot2 的散点图。

## some reproducible data 
set.seed(1)
dat <- data.frame(
  x = round(runif(200,-30,30),2),
  y = round(runif(200,-2,30),2),
  msd = sample(c(0,2,3),200,rep=T))

## scatter plot where the size/color of points depends in msd
library(ggplot2) 
ggplot(dat) +
  geom_point(aes(x,y,size=msd,color=msd)) +
  theme_bw()