我可以仅使用 PDB 文件进行 PCA（在 python3.x 中使用 MDAnalysis）吗？答案

【问题标题】：Can I do PCA (using MDAnalysis in python3.x) with PDB file only?我可以仅使用 PDB 文件进行 PCA（在 python3.x 中使用 MDAnalysis）吗？
【发布时间】：2019-11-26 14:52:17
【问题描述】：

我可能有比代码相关的更多技术问题。我尝试仅使用 PDB 文件执行 PCA（使用 MDAnalysis 包） - 此 pdb 文件包含 100 个对齐的结构（当然，它们是相同的 - 这意味着相同类型和数量的原子；它是在 PyMol 中完成的）。

我使用我之前为具有标准轨迹的 PCA 编写的代码，但它返回错误“无法从单个轨迹帧收集协方差信息。”

因此，我的假设是 PCA 不能仅使用 PDB 文件完成，或者可以，但我没有正确的 pdb 输入。我想知道是否有人曾经尝试过这样的事情或对 MDAnalysis 有很好的经验并且可以给我任何建议（我是计算化学的新手）。

我认为代码不是很需要，但我附上它：

import matplotlib.pyplot as plt
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.pca import PCA
import numpy as np

u = mda.Universe("mypdb.pdb") 
ca = u.select_atoms('name CA')


pca = PCA(u, select='name CA').run()
n_pcs = np.where(pca.cumulated_variance > 0.95)[0][0]
reduced_data = pca.transform(ca, n_components=n_pcs)

plt.plot(pca.variance, "-o")

【问题讨论】：

如果 PDB 文件包含“PDB 轨迹”（即具有多个 MODEL 条目的文件），那么这应该可以工作。查看 u.trajectory.n_frames 是否显示大于 1 的数字。有关更多背景信息，请参阅 PDB structure files in MDAnalysis。
顺便说一句，大多数 MDAnalysis 用户在邮件列表 groups.google.com/group/mdnalysis-discussion 上提出问题
谢谢，我查看了邮件列表，但没有找到问题的答案。是的，我的文件是单帧，因为它不是由轨迹制成的。我从 100 个结构中制作了这个文件，这些结构是对齐的，这些结构最初是与 RCSB 分开的结构（但它总是具有相同数量的原子的相同蛋白质）。是否有可能将其制成多帧 PDB？
您是否按照@orbeckst 的建议打印了u.trajectory.n_frames？很可能您的 .pdb 轨迹构造不正确。您是如何分隔 .pdb 中的帧的？分隔是否使用关键字MODEL？

标签： bioinformatics pca pymol cheminformatics mdanalysis

【解决方案1】：

要让您的 PDB 文件被 mdtraj 视为“多帧”PDB 文件（而不是单帧 PDB），您必须用“END”而不是“TER”分隔每个构象。

【讨论】：