Travis CI 在 R 包子目录中找不到头文件

Question

我正在尝试设置 Travis-CI 来构建 this R 包。该包使用以下步骤在本地构建，这些步骤与 Travis 上的构建过程非常相似（构建失败here）：

git clone --depth=50 --branch=master https://github.com/weinstockj/htslibr.git weinstockj/htslibr
cd weinstockj/htslibr/
git submodule update --init --recursive
cd htslibr/
R -e 'install.packages("Rcpp")'
R CMD build .

Travis 失败并出现错误，表明它找不到位于 htslibr/src 子目录中的头文件。为什么 R CMD build 无法在 Travis 上找到标头（同样，本地没有问题）？

Travis 设置为 here ，在本地我也在使用 Ubuntu 16.04。

Answer 1

这里是失败构建日志的摘录：

mkdir -p /tmp/Rtmpy1bhv4/Rinst23036acf1e4/htslibr/inst/include
cp htslib/htslib/*.h /tmp/Rtmpy1bhv4/Rinst23036acf1e4/htslibr/inst/include
g++ -std=gnu++11 -I"/home/travis/R-bin/lib/R/include" -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I/home/travis/R-bin/include   -fpic  -g -O2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -std=gnu++11 -I"/home/travis/R-bin/lib/R/include" -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I/home/travis/R-bin/include   -fpic  -g -O2 -c util.cpp -o util.o
util.cpp:2:24: fatal error: htslib/hts.h: No such file or directory

我们看到，虽然标头被复制到 /tmp/Rtmpy1bhv4/Rinst23036acf1e4/htslibr/inst/include，但该目录不在包含路径上。您可以通过添加来解决此问题

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include -DSTRICT_R_HEADERS

到Makevars（不需要STRICT_R_HEADERS，但"best practice"）并在util.cpp中使用#include <hts.h>。但是，我不相信首先将头文件复制到inst/include 是正确的。毕竟，这些头文件并不代表您的包提供给其他包的 API。相反，它是您打包使用的库的 API在内部。因此，我建议不要复制头文件并使用

PKG_CPPFLAGS = -Ihtslib -DSTRICT_R_HEADERS

在Makevars。

顺便说一句，Writing R Extensions 提倡对目标使用不同的使用模式：

all: $(SHLIB)
$(SHLIB): <any other needed targets>

尽管如果您按照我的建议不要复制标题，这一点是无关紧要的。