在 R 包中导入鼠标功能时出错答案

【问题标题】：Error while importing mice functions in R package在 R 包中导入鼠标功能时出错
【发布时间】：2016-06-01 22:21:29
【问题描述】：

我想在我的包中包含mice::mice 函数来对我的数据执行插补。

我使用 Roxygen 列出导入

#' @param data dataset to be used for imputation
#' @importFrom dplyr select_
#' @importFrom mice mice complete
#' @return A list
#' @export
#' 
impute_data <- function(data, vars, seed)
{
     data_used <- select_(data,vars)
     mice_data <- complete(mice(data_used, seed = seed))
     return(mice_data)
}

这个函数在我测试代码时工作正常，但是当我构建包并尝试使用它时，我得到以下错误

Error in check.method(setup, data) : 
  The following functions were not found: mice.impute.pmm,mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm

我尝试将错误中提到的所有函数添加到导入中，但对结果没有任何影响。

我错过了什么？我从来没有发现过这样的问题。

【问题讨论】：

标签： r r-package r-mice

【解决方案1】：

您忘记处理DESCRIPTION文件！你只处理 impute_data.R.

您的问题与以下内容非常相似： What roxygen should I put when I use a function of another package in my function

我在那里给出了答案（请在发布任何问题之前搜索类似的问题）。对于您的情况：

首先，了解您的

sessionInfo() 
getwd() # your R's working directory
.libPaths() # your R's library location

Step0 下载并安装必要的包：

library(roxygen2)
library(devtools)
library(digest)

Step1 将所有相关的“.R”文件（yourfunction1.R、yourfunction2.R、yourfunction3.R、impute_data.R）放入 R 的工作目录。

Step2 在 R 的工作目录中创建包骨架：在运行以下命令之前，请确保 R 的工作目录中没有名为“yourpackage”的文件夹。（来自 R 的控制台）

package.skeleton(name = "yourpackage", code_files = c("yourfunction1.R", "yourfunction2.R", "yourfunction3.R", "impute_data.R"), path = ".")

运行package.skeleton 后，文件夹yourpackage 会在R 的工作目录中创建。

从 Windows 资源管理器中删除 Read-and-delete-me 文件。
删除 YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹中的“yourpackage-package.Rd”文件
（不要删除 YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹中的“yourpackage.Rd”文件！）

Step3 在“.R”文件 (impute_data.R) 的序言末尾，输入以下内容（如果您在 Step1 中没有这样做）：

#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice complete
#' @export
impute_data <- function(...) {...

Step4 在您的包的DESCRIPTION 文件中，在Imports 部分中，添加：

Imports:
    mice(>= VersionNumber)

其中 VersionNumber 是您正在使用的鼠标包的版本号。您可以通过在RevolutionREnterprise的对象浏览器中右键单击任何功能（来自yourpackage）找到版本号；并进入生成的 .html 帮助文件的底部。那里会显示软件包的版本号。

在Step2中，package.skeleton自动生成了一个NAMESPACE文件，其内容为：

exportPattern("^[[:alpha:]]+")

不要手动处理这个 NAMESPACE 文件。

Step5 roxygenize 你想要创建的包（“yourpackage”）

library(roxygen2)
roxygenize("yourpackage")

在 roxygenization 时，yourpackage 的 NAMESPACE 文件的内容会自动从 exportPattern("^[[:alpha:]]+") 转换为

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(impute_data)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,complete)

Step6 构建你的包：
（首先，从 Windows 资源管理器中删除 YourR'sWorkingDirectoryFolder\yourpackage 文件夹中的“src-i386”和“src-x64”文件夹（如果有））
（再次确保YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹中没有“yourpackage-package.Rd”文件。如果有，请在构建之前将其删除）

build("yourpackage")

Step7 安装你的包：

install("yourpackage")

Step8 通过加载包并运行包中的函数来检查一切是否正常。

library(yourpackage)
impute_data(a,b,1235) # "impute_data" is the function in the package "yourpackage"

Step9 检查您的包是否可加载到 CRAN（综合 R 归档网络）（如果您想共享您的包）：

（首先，从 Windows 资源管理器中删除 YourR'sWorkingDirectoryFolder\yourpackage 文件夹中的“src-i386”和“src-x64”文件夹（如果有））
（再次确保YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man文件夹中没有“yourpackage-package.Rd”文件。如果有，请在检查前将其删除）

从 DOS 命令提示符：
开始——cmd——回车。传递到 R 的工作目录（您的 R 的工作目录通过 getwd() 知道）并进行 CRAN 检查：

cd C:\Users\User\Documents\Revolution
R CMD check yourpackage

从 R 的控制台：

devtools::check("C:/Users/User/Documents/Revolution/yourpackage")

【讨论】：

嗨，我正在使用 RStudio，所有这些东西要么默认处理，要么已经处理（由我），很抱歉我忘了在问题中添加这个。这根本不起作用。但我找到了解决方案，显然，mice 包要求您在文档中设置“@importMethodsFrom mouse”。这将使它工作。
一点更正，显然我找到的解决方案不起作用...我通过每次引用命名空间mice 找到了更好的解决方案。例如：mice::complete，mice::mice。不优雅，但它有效。

【解决方案2】：

您好，即使帖子较旧，

最近，我遇到了同样的问题，并提出了解决方案 Erdogan CEVHER 和 mickkk 对我不起作用。我通过主动加载mice包解决了这个问题，同时加载了我自己的包。更多详细信息请咨询R-Package-Dependencies。

除了包开发过程中需要的步骤外，这里是我推荐的：

第 1 部分：将鼠标添加到包的说明文件中的 Depends:（not Import:）字段。

Depends: mice (>= VERSIONNUMBER)

第 2 部分：在 NAMESPACE 中使用 import(mice)（仅适用于 devtools::check()）

import(mice)

第 3 部分： 使用 mice:: 引用每个函数，例如

mice::mice(data, method="pmm")

【讨论】：