在 CBMPy 中，您可以通过三种不同的方式向 SBML 文件添加注释：
1) MIRIAM 注释，
2) 任意键值对和
3) 人类可读的笔记
这应该涵盖您在问题中提到的所有要点。我演示了如何将它们用于基因输入，但相同的命令可用于注释物种（代谢物）和反应。
1. MIRIAM 注释
要访问现有的 MIRIAM 注释 - 您在问题中显示的注释 - 您可以使用：
import cbmpy as cbm
mod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml.gz')
# access gene directly by its locus tag which avoids dealing with the "G_" in the ID
gene = mod.getGeneByLabel('YLR189C')
gene.getMIRIAMannotations()
这将给出：
{'encodes': (),
'hasPart': (),
'hasProperty': (),
'hasTaxon': (),
'hasVersion': (),
'is': (),
'isDerivedFrom': (),
'isDescribedBy': (),
'isEncodedBy': ('http://identifiers.org/ncbigene/850886',
'http://identifiers.org/sgd/S000004179'),
'isHomologTo': (),
'isPartOf': (),
'isPropertyOf': (),
'isVersionOf': (),
'occursIn': ()}
如您所见，它包含您在 SBML 文件中看到的条目。
如果您现在想要添加 MIRIAM 注释，您可以使用两种方法：
A) 让 CBMPy 为您创建 url：
gene.addMIRIAMannotation('is', 'UniProt Knowledgebase', 'Q06321')
B)输入你自己的网址：
# made up protein!
gene.addMIRIAMuri('is', 'http://identifiers.org/uniprot/P12345')
如果你现在检查gene.getMIRIAMannotations()，你会看到（我剪掉了几个空条目）：
'is': ('http://identifiers.org/uniprot/Q06321',
'http://identifiers.org/uniprot/P12345'),
'isDerivedFrom': (),
'isDescribedBy': (),
'isEncodedBy': ('http://identifiers.org/ncbigene/850886',
'http://identifiers.org/sgd/S000004179'),
因此，您的两个条目都已添加（再次重申：P12345 条目仅用于演示，请勿在您的实际模型中使用它！）。
如果您不知道正确的数据库标识符，CBMPy 也会在那里为您提供帮助，例如如果你尝试：
gene.addMIRIAMannotation('is', 'uniprot', 'Q06321')
它会打印出来
"uniprot" is not a valid entity were you looking for one of these:
UNII
UniGene
UniParc
UniPathway Compound
UniPathway Reaction
UniProt Isoform
UniProt Knowledgebase
UniSTS
Unimod
Unipathway
Unit Ontology
Unite
INFO: Invalid entity: "uniprot" MIRIAM entity NOT set
其中包含我们上面使用的'UniProt Knowledgebase'。
2。添加任意键值对。
并非所有内容都可以使用 MIRIAM 注释方案进行注释，但您可以轻松创建自己的 key-value-pairs。用你的例子，
gene.setAnnotation('last_modified_by', 'Vinz')
键和值是完全任意的，
gene.setAnnotation('arbitrary key', 'arbitrary value')
如果你现在打电话
gene.getAnnotations()
你收到
{'arbitrary key': 'arbitrary value', 'last_modified_by': 'Vinz'}
如果你想访问某个键，你可以使用
gene.getAnnotation('last_modified_by')
产生
'Vinz'
3.添加注释
如果您想编写实际的 cmets，前两个选项都不合适，但您可以使用：
gene.setNotes('This is my favorite gene')
您可以使用它们访问它们
gene.getNotes()
如果您现在使用（确保使用 FBCV2！）导出模型：
cbm.CBWrite.writeSBML3FBCV2(mod, 'iMM904_edited.xml')
在你的文本编辑器中打开模型，你会看到所有的注解都已经添加到了：
<fbc:geneProduct metaid="meta_G_YLR189C" fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C">
<notes>
<html:body>This is my favorite gene</html:body>
</notes>
<annotation>
<listOfKeyValueData xmlns="http://pysces.sourceforge.net/KeyValueData">
<data id="arbitrary key" value="arbitrary value"/>
<data id="last_modified_by" value="Vinz"/>
</listOfKeyValueData>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/" xmlns:vCard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#" xmlns:vCard4="http://www.w3.org/2006/vcard/ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" xmlns:bqmodel="http://biomodels.net/model-qualifiers/">
<rdf:Description rdf:about="#meta_G_YLR189C">
<bqbiol:is>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/uniprot/Q06321"/>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/uniprot/P12345"/>
</rdf:Bag>
</bqbiol:is>
<bqbiol:isEncodedBy>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886"/>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179"/>
</rdf:Bag>
</bqbiol:isEncodedBy>
</rdf:Description>
</rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>