R在加载包时要求未知依赖

Question

我是包“rase”(link) 的维护者。

自 2015 年 11 月 9 日以来，我根本没有更改代码，当时包可以毫无问题地加载。但是，我在加载包时收到了询问以下问题的电子邮件：

> library(rase)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called ‘Biostrings’
Error: package or namespace load failed for ‘rase’

然后我尝试在自己的计算机上执行此操作，并且收到了相同的消息。从我上次成功加载包（2015 年 11 月）到现在，我将 R 升级到 v 3.2.3。天真地，我重新安装了 v3.2.2，但出现了同样的错误。我已经彻底检查了 rase 代码(git here)，但没有进行任何更改，也没有提及“Biostrings”（或其中的任何函数）。 “rase”依赖项和导入不包括“Biostrings”。

任何帮助将不胜感激，因为我不知道为什么会发生这种情况（我是创建软件包时的新手）。我想我可以安装“Biostrings”，但我不想做出看似不必要的依赖。

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)    
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ape_3.4          data.table_1.9.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] quadprog_1.5-5          lattice_0.20-33         mvtnorm_1.0-3           msm_1.6                
 [5] MASS_7.3-43             chron_2.3-47            grid_3.2.2              nnls_1.4               
 [9] nlme_3.1-121            magrittr_1.5            Matrix_1.2-2            splines_3.2.2          
[13] tools_3.2.2             igraph_1.0.1            maps_3.0.2              parallel_3.2.2         
[17] numDeriv_2014.2-1       survival_2.38-3         mnormt_1.5-3            clusterGeneration_1.3.4
[21] animation_2.4           expm_0.999-0         

Answer 1

Biostrings 是一个 BioConductor 软件包，您可以按照 on this page 的说明安装它：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

如果您将 Bi​​oC 添加为系统上的已知存储库，它也可以通过 install.packages() 安装。例如这样就可以了

r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.rstudio.com"
r["BioCsoft"] <- "http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc"
options(repos = r)

在您的.Rprofile 或Rprofile.site 中。