自 R 2.15.2 起，包存储库的子目录结构是否发生了变化？答案

【问题标题】：Did the subdirectory structure of package repositories change as of R 2.15.2?自 R 2.15.2 起，包存储库的子目录结构是否发生了变化？
【发布时间】：2012-10-31 11:03:47
【问题描述】：

有点尴尬/不可行，但由于我从“纯用户”转变为“初学者-开发人员”的时间不长，所以当新的 R版本出来了 - 直到今天（我觉得我应该养成这个习惯）;-)

但我不确定假设的更改是否真的发生了，因为我在第一次看到 R R 2.15.2 的 CHANGELOG 时找不到任何关于它的信息：

实际问题

包存储库的（子目录）结构是否可能从

./bin/windows/contrib/2.xx/

到

./src/contrib/2.xx/ 甚至./src/contrib?

或者至少 PACKAGES 文件现在需要保存在此处：./src/contrib/PACKAGES?

背景资料

直到 2.15.1 版，以下路径可用于从我的本地包存储库安装包：

path.repos  <- "L:/R/packages"
repos       <- file.path("file://", path.repos)

函数contrib.url 将采用repos 并将其展开到正确的子目录：

> contrib.url(repos)
[1] "file:///L:/R/packages/bin/windows/contrib/2.15"

但是当我尝试运行 install.packages() 时，我收到 R 2.15.2 的以下错误：

> install.packages("mypkg", 
+     lib=file.path(R.home(), "library"),
+     repos=repos,
+     type="win.binary"
+ )
Error in read.dcf(file = tmpf) : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In read.dcf(file = tmpf) :
  cannot open compressed file 'L:/R/packages/src/contrib/PACKAGES', probable reason 'No such file or directory'
>

当我对 R 2.15.1 做同样的事情时，一切都很顺利。

尽职调查

CHANGELOG 中有一些关于存储库的参考资料，但我发现的唯一部分给我一些证据表明发生了假设的变化是这样的：

包安装

对于 Windows 或 Mac OS X 二进制包安装，install.packages() 将检查源包是否在相同的存储库中可用，并报告它是否是更高版本或有源包但没有二进制包可用的。

再次查看official documentation 并得到一个想法，可能arg type 没有正确传递给contrib.url()，因为在我看来install.package() 正在寻找type="source" 包的地方?

【问题讨论】：

可能重复stackoverflow.com/questions/13132111/…
@mnel：感谢您的指点。更新我的 SO 技能的好机会；-) 在这种情况下推荐的行为是什么？我觉得我已经为您链接到的问题添加了更多细节，但我认为重复是不可取的。我应该将我的问题编织到另一个问题中，还是我只是等到我的问题关闭，但对于任何寻找它的人来说仍然存在？
我会标记为重复关闭。

标签： r repository cran

【解决方案1】：

这个特定的错误与mine 不同。

此问题与检查 install.packages() 现在在安装之前运行有关。正如Rappster所说，它tries to find a source package to compare the binary version with：

对于 Windows 或 Mac OS X 二进制包安装，install.packages() 将检查源包是否在相同的存储库中可用，并报告它是否是更高版本或有源包但没有二进制包可用。

因此，压缩此消息的一种简单方法是创建R/src/contrib 目录并在该目录中运行tools::write_PACKAGES() 以创建（一个空的）PACKAGES 文件。

当然，您在 2.15.1 中没有收到此消息的原因是它没有执行 2.15.2 执行的检查（请参阅上面的 R NEWS 引用）。

我已经提交了bug report 我的问题。还没有消息。也可以将其发布到 R 邮件列表。

【讨论】：