如何创建循环以在 R 中重复随机抽样过程答案

【问题标题】：How to create a loop to repeat random sampling procedure in R如何创建循环以在 R 中重复随机抽样过程
【发布时间】：2016-08-24 15:35:30
【问题描述】：

我已经在 R 中编写了一些代码来从 3 个单独的向量（list1、list2、list3）中进行采样而不用替换。我从列表 1 中采样 10 次，从列表 2 中采样 20 次，从列表 3 中采样 30 次。然后我结合 3 个随机样本列表并检查我对同一字符串进行了 2 或 3 次采样的次数。我将如何实现自动化，以便我可以采样 100 次并获得频率计数的分布？例如，我想查看从所有三个列表中随机抽取相同字符串的频率。感谢您的帮助。

所有输入数据都是这样的数千个字符串的列表：

列表1：

     V1         
[1,] "EDA"
[2,] "MGN2"  
[3,] "5RSK"      
[4,] "NBLN"

我当前的代码：

sample_list1 <-(sample(list1,10, replace=FALSE))
sample_list2 <-(sample(list2,20, replace=FALSE))
sample_list3 <-(sample(list3,20, replace=FALSE))

combined_randomgenes <- c(list1, list2, list3)
combined_counts <- as.data.frame(table(combined_randomgenes))

overlap_3_lists <- nrow(subset(combined_counts, Freq == 3))
overlap_2_lists <- nrow(subset(combined_counts, Freq == 2))

如果在我的 3 个随机样本中只有 1 个字符串出现在所有 3 个随机样本中，那么我希望overlap_3_lists 包含值 1。我想自动化以便获得值的分布，以便我可以绘制一个直方图，用于查看在所有 3 个列表中采样了多少次 0、1、2、3 等相同的字符串。

【问题讨论】：

标签： r loops sampling resampling

【解决方案1】：

您也可以尝试使用mapply()，可读性略高，如下所示：

my_list <- list( A= 1:8, B= 1:8, C= 1:8)

my_list_sampled <- mapply(sample, size = c(5,5,3), my_list )
names(my_list_sampled) <- names(my_list)


result<- table(stack(my_list_sampled))

hist(result)

这将很好地总结数据，您可以根据观察次数进行子集化。

result_all_3 <- (result == "3")

或者像这样计算重叠

result <- data.frame(ifelse(result> 0, 1, 0))

result$overlap <- rowSums(result)

hist(result$overlap)

【讨论】：

【解决方案2】：

您需要在第三个示例中将 20 更改为 30。此外，您的 combine_randomgenes 需要引用 sample_listx。然后只需将 for 循环代码放在它周围并分配结果。额外提示：小心在脚本中使用 subset 并设置种子，以便您的工作可重现。

set.seed(1234)

list1 <- 1:60
list2 <- 1:60
list3 <- 1:60

n <- 100
runs <- data.frame(run=1:n,threes=NA,twos=NA)
for(i in 1:n) {
  sample_list1 <-(sample(list1,10, replace=FALSE))
  sample_list2 <-(sample(list2,20, replace=FALSE))
  sample_list3 <-(sample(list3,30, replace=FALSE))

  combined_randomgenes <- c(sample_list1, sample_list2, sample_list3)
  combined_counts <- as.data.frame(table(combined_randomgenes))

  runs$threes[i] <- sum(combined_counts$Freq==3)
  runs$twos[i] <- sum(combined_counts$Freq==2)
}

runs
hist(runs$threes,5)
hist(runs$twos,5)

【讨论】：