使用标准错误着色创建 ggplot2 stat_ecdf 图答案

【问题标题】：Create a ggplot2 stat_ecdf plot with standard error shading使用标准错误着色创建 ggplot2 stat_ecdf 图
【发布时间】：2017-06-09 15:17:45
【问题描述】：

我有来自三个剂量治疗的数据，每个剂量重复三个：

df <- data.frame(dose=c(rep(1,300),rep(3,300),rep(5,300)),
replicate=rep(c(rep("X1",100),rep("X2",100),rep("X3",100)),3),
value=c(rnorm(300,1,1),rnorm(300,3,1),rnorm(300,5,1)),stringsAsFactors=F)

df$dose <- factor(df$dose,levels=c(1,3,5))

我想使用 cdf 图显示它。对于每个重复，我可以简单地绘制三个剂量的 cdfs：

for(r in c("X1","X2","X3")){
 ggplot(dplyr::filter(df,replicate==r),aes(x=value,color=dose))+
   stat_ecdf(geom="step")+ 
   theme_bw()+
   theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())
}

但我正在寻找一种方法来在一个图中显示每个剂量的所有重复，在平均值周围使用标准误差阴影，类似于使用stat_smooth 实现的图。

这可以实现吗？

另外，对于这个或单个重复的图：

r <- "X1"
ggplot(dplyr::filter(df,replicate==r),aes(x=value,color=dose))+
  stat_ecdf(geom="step")+ 
  theme_bw()+
  theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())

有没有办法计算每个 ecdfs 下的面积？

【问题讨论】：

可以得到曲线下的面积；阅读此thread

标签： r ggplot2 standard-error ecdf

【解决方案1】：

您可以使用交互来根据两列对数据（ggplot）进行分组；

ggplot(df,aes(x=value,color = interaction(replicate, dose)
            , group=interaction(replicate, dose)))+
stat_ecdf(geom="step")+ 
theme_bw()+
theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())

这将是你的阴谋；

因为有点模糊：

如果你想有dose 的行，那么你可以在交互中去掉replicate，或者在你的ddplyr::filter 中使用dose 而不是replicate；

  ggplot(dplyr::filter(df,dose==1),aes(x=value,color = interaction(replicate, dose)
            , group=interaction(replicate, dose)))+
stat_ecdf(geom="step")+ 
theme_bw()+
theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())

你会得到：

【讨论】：