来自带有误差线的复制数据的折线图

Question

我试图在同一个图（Media1 和 Media2）上创建一个包含 2 个变量的增长曲线。我有 3 个时间点（T1，T2 ...），每个时间点重复 3 次（R1，R2，R3）。我需要平均重复并制作带有误差线的折线图。数据示例：

Time Replicate      Media1     Media2
1       T0        R1 0.013733333 0.03770000
2       T0        R2 0.008233333 0.03690000
3       T0        R3 0.013333333 0.03760000
4       T1        R1 0.018166667 0.03680000
5       T1        R2 0.013466667 0.03570000
6       T1        R3 0.018366667 0.03700000
7       T2        R1 0.028066667 0.04420000
8       T2        R2 0.022966667 0.04400000
9       T2        R3 0.027866667 0.04420000
10      T3        R1 0.041333333 0.05536667
11      T3        R2 0.033433333 0.05476667
12      T3        R3 0.039833333 0.05446667

我已经想出了如何使用这个来平均重复：

.colMeans(df$Media1, 3, length(df$Media1) / 3)

而且我知道如何在 ggplot 中绘制它。我只是不知道如何从原始非平均数据中获取折线图上的误差线。

感谢您的帮助

Answer 1

如果您将数据重新整形为长格式，您可以使用stat = "summary" 从数据中计算相关统计信息。计算哪些统计信息取决于 fun/fun.data 参数。

library(ggplot2)

df <- read.table(text = "Time Replicate      Media1     Media2
1       T0        R1 0.013733333 0.03770000
2       T0        R2 0.008233333 0.03690000
3       T0        R3 0.013333333 0.03760000
4       T1        R1 0.018166667 0.03680000
5       T1        R2 0.013466667 0.03570000
6       T1        R3 0.018366667 0.03700000
7       T2        R1 0.028066667 0.04420000
8       T2        R2 0.022966667 0.04400000
9       T2        R3 0.027866667 0.04420000
10      T3        R1 0.041333333 0.05536667
11      T3        R2 0.033433333 0.05476667
12      T3        R3 0.039833333 0.05446667")

df <- tidyr::pivot_longer(df, c("Media1", "Media2"))

ggplot(df, aes(Time, value, colour = name)) +
  geom_jitter(width = 0.2) +
  geom_line(aes(group = name), stat = "summary", fun = mean) +
  geom_errorbar(stat = "summary", fun.data = function(x) {
    data.frame(ymin = mean(x) - sd(x), ymax = mean(x) + sd(x))
  }, width = 0.1)

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2021-01-09 创建}