即使在数据框中对变量进行分组后，lme4 升级也会产生错误消息

Question

我一直在使用旧版本的 lme4 运行线性混合模型。现在我已经更新了 lme4 我收到以下错误：

错误 en [[<-.data.frame(*tmp*, i, value = integer(0)) ： 替换有0行，数据有4211

我在这个网站上找到了一个答案，建议将所有分组变量放在 data 参数指定的数据框中。我已经这样做了，但我的代码仍然无法正常工作。

这里是：

msdgtot=glmer(sdg.dens ~ ngbr.trees + (1 + ngbr.trees | factor(species)), data=d.sdg.ngb,family=poisson)

错误 en [[<-.data.frame(*tmp*, i, value = integer(0)) ： 替换有0行，数据有4211

知道为什么会这样吗？ 非常感谢！ 娜塔莉亚·诺登

Answer 1

这确实是 lme4: https://github.com/lme4/lme4/issues/156 中尚未修复的错误。但是，解决方法很简单：只需在数据框中进行转换，例如 as.factor() 和 as.numeric()，而不是在公式中，例如

d.sdg.ngb = transform(d.sdg.ngb,species=factor(species))
msdgtot = glmer(sdg.dens ~ ngbr.trees + (1 + ngbr.trees | species),
    data=d.sdg.ngb,family=poisson)

一般来说，我认为这甚至没有必要——至少最新版本的glmer 会自动将species 之类的分组变量转换为因子——但我很感激想要小心/明确。如果由于某种原因我不想将分组变量永久转换为因子，我通常会制作变量的因子版本，例如

d.sdg.ngb = transform(d.sdg.ngb,fspecies=factor(species))

然后在公式中使用fspecies 而不是species。

不管怎样，这在以前发布的lme4 版本中也是一个问题：lme4.0（向后兼容的版本），

gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
  data=cbpp,family=binomial)

工作正常，但是

gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | factor(herd)),
data=cbpp,family=binomial)

给出Error in factor(herd) : object 'herd' not found（诚然是一条不那么神秘的错误消息，但仍然是一个错误）。