【问题标题】:Why is my glmer model in R taking so long to run?为什么我在 R 中的 glmer 模型需要这么长时间才能运行?
【发布时间】:2016-05-05 11:03:03
【问题描述】:

我以前在 Statistica 中使用过简单的统计数据,但我的硕士研究需要 R。我正在尝试运行以下代码来测试任何重要的交互,它只是永远运行。如果我通过取出一个月来简化模型,那么它就会运行,但从生物学上讲,月份很重要是有道理的,所以我真的希望这个运行包括月份作为一个因素。运行模型后,R studio 中的停车标志只会出现几个小时,这可能是什么原因?就像我说的那样,我很新,我自己学习这个真的很困难。我正在处理存在/不存在数据(如 %),我将其 cbind 作为我的因变量。到目前为止,这就是我的代码的样子:

library(car)
library(languageR)
library(AICcmodavg)
library(lme4)

Scat <- read.csv("Scat2.csv", header=T)

attach(Scat)

names(Scat)

y <- cbind(Present,Absent)

ScatData <- glmer(y ~ Estate * Species * Month * Content * (1|Site) + Min + Max,family=binomial)

summary(ScatData)

一旦我开始运行实际模型,我什至不需要做总结,因为 R 还没有完成计算实际模型的结果。我运行了大约 4 个小时的模型,当我点击停车标志时,我收到了这条消息:

警告信息: In (function (fn, par, lower = rep.int(-Inf, n), upper = rep.int(Inf, : 在 10000 次评估中未能收敛

我非常感谢您就此事提供一些意见。

【问题讨论】:

  • 警告信息可能与您的模型规格过高有关。两种可能的解决方法是逐季度汇总,或者将月份与较少的变量进行交互。

标签: r lme4


【解决方案1】:

您的模型规范存在一些问题。你的模型

y ~ Estate * Species * Month * Content * (1|Site) + Min + Max

正在询问庄园、物种、月份、内容和地点的所有主要影响和相互作用,这非常复杂。

此外,您已将站点指定为随机效应并要求其与固定效应交互。我不确定这是否可能,但它肯定看起来是错误的。您应该决定您希望站点是固定效果还是随机效果。

如果您发布一个可复制的最小示例,我可以提供更具体的建议。

【讨论】:

  • 谢谢,我会尽快处理的
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