【问题标题】:lme4 glmm model convergence issuelme4 glmm模型收敛问题
【发布时间】:2015-11-05 21:35:44
【问题描述】:

我正在尝试将 lme4 包用于 glmm,并得到收敛代码 0 和语句:模型无法与 max|grad| 收敛= 0.00791467(tol = 0.001,组件 1)。我对使用 lme4 包很感兴趣,因为我希望在添加其他协变量时使用 AIC 值来确定合适的模型。

两周前,当我尝试相同的方法时,我收到一条警告消息,指出模型由于 max|grad| 无法收敛。问题,但这次没有收到警告消息,只是摘要输出末尾的语句。

这是否意味着模型没有收敛?我还使用了 glmmPQL 方法。两种模型类型之间的系数参数估计值相似。

这是 glmer (lme4) 型号代码。我增加了 maxfun 来处理我上次运行模型时遇到的其他问题。

l1<-glmer(Meat_Weight~logsh+SAMS_region_2015+(1|StationID),
        family="Gamma"(link="log"),data=datad,control=glmerControl(optCtrl=list(maxfun=100000)))

这是 glmmPQL 代码。

m1<-glmmPQL(fixed=Meat_Weight~logsh+SAMS_region_2015,random=~1|StationID,
        family=Gamma(link="log"),data=datad)

我确信这不是诊断问题的信息,但如果有人有建议,我可以提供更多数据。

谢谢

【问题讨论】:

  • 请不要交叉发帖;我有answered this on r-sig-mixed-models
  • 在找到 r-sig-mixed-models 邮件列表之前,我先在这里发布了这条消息。
  • 作为参考,@BenBolker 在该邮件列表上是这样回复的:“你看过 ?convergence 吗?底线(正如 Doug Bates 最近在此论坛上评论的那样)是收敛测试给出了很多误报;我已经考虑了很多关于删除它们的想法,或者至少是关于大幅增加容差,但一直害怕做出会导致......“
  • "...更多错误的否定(即未报告的模型问题)而没有更多的时间和精力评估这些规则并仔细做出决定(我不这样做'现在没有...)特别是如果您在 glmmPQL 和 glmer 之间获得足够相似的结果,我可以随意忽略警告。”
  • 要更彻底地解释@BenBolker 对此事的看法,另请参阅stackoverflow.com/a/21370041/2626562

标签: lme4


【解决方案1】:

尝试更换优化器

    l1<-glmer(Meat_Weight~logsh+SAMS_region_2015+(1|StationID),
    family="Gamma"(link="log"),data=datad, control = glmerControl(optimizer="bobyqa"))

【讨论】:

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