如何从多个目录中读取数据集并合并R中每个目录中的所有数据集？答案

【问题标题】：How to read in datasets from multiple directories and merge all datasets in each directory in R?如何从多个目录中读取数据集并合并R中每个目录中的所有数据集？
【发布时间】：2021-02-24 19:22:09
【问题描述】：

我正在尝试从不同目录中读取多个数据文件，并且我想合并每个目录中的所有文件并将它们列出到环境中。我正在处理的数据是 NHANES。

例如，如果只对 NHANES 1999-2000 这样做。

  nhanes_names <- dir(here("data","raw", "NHANES","1999-2000"))
  nhanes_directory <- here("data","raw", "NHANES", "1999-2000", nhanes_names)
  
  nhanes_1999to2000<-nhanes_directory %>%
    set_names(nhanes_names) %>%
    map(read_rds) %>%
    reduce(full_join, by = "seqn")

我想知道是否有一种简洁的方法可以使用 purrr 将代码应用于所有文件夹（1999-2000、2001-2002、...、2013-2014）。

【问题讨论】：

你看过stackoverflow.com/questions/16445621/…吗？
谢谢，我确实阅读了其中的内容。但我仍在寻找一种更整洁的方法来做到这一点。目前，我使用 for 循环来解决问题，但也许有更好的方法。再次感谢！

标签： r tidyverse

【解决方案1】：

你可以符合以下条件：

library(purrr)
library(here)
library(readr)
library(dplyr)

list.files(here("data","raw", "NHANES"), 
           recursive = TRUE, full.names = TRUE) %>% ## get all files
   grep("\\.rds$", ., value = TRUE) %>%             ## reduce to rds files
   map(read_rds) %>%                                ## read in each
   reduce(full_join, by = "seqn")                   ## and merge them

返回列表中每个目录的合并文件：

library(purrr)
library(here)
library(readr)
library(dplyr)

list.dirs(here("data","raw", "NHANES"), recursive = FALSE) %>% ## get all subdirs 
  map(function(sdir) {                                         ## map over all subdirs
      fns <- list.files(sdir, "\\.rds$", full.names = TRUE)    ## get all files in sdir
      map(fns, read_rds) %>%                                   ## read each
          reduce(full_join, by = "seqn")                       ## and merge them
  })

【讨论】：

感谢您的回答！该代码有效，但它会生成许多具有相同名称但带有后缀的变量，例如variable.x，variable.y。我想先合并每个目录中的数据集（也就是说，如果我有 9 个不同的目录，我会有 9 个不同的合并数据集），然后我可以将它们列出到环境中，稍后再合并。
非常感谢您的回答！效果很好！