R中的系统发育MANOVA？ [关闭]答案

【问题标题】：Phylogenetic MANOVA in R? [closed]R中的系统发育MANOVA？ [关闭]
【发布时间】：2013-05-31 11:37:33
【问题描述】：

有没有人知道 R 中执行 MANOVA 同时控制系统发育非独立性的包或方法？

谢谢！

【问题讨论】：

你看过包裹geiger吗？

【解决方案1】：

sos 包是你的朋友：

library('sos')
findFn('phylogenetic MANOVA')

看起来像 geiger 包，更准确地说是 aov.phylo 执行系统发育 ANOVA 或 MANOVA。

这里是帮助中的一个例子：

library(geiger)
geo=get(data(geospiza))
dat=geo$dat
d1=dat[,1]
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6)))
names(grp)=rownames(dat)

## MANOVA
x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks")
Multivariate Analysis of Variance Table

Response: dat
          Df   Wilks approx-F num-Df den-Df   Pr(>F) Pr(phy)
group      1 0.27872   3.6229      5      7 0.061584   0.549
Residuals 11

【讨论】：

谢谢！ sos 是一个多么棒的包裹啊——我以前没遇到过！关于 geiger，您对选择的测试有什么建议吗？我知道这个例子使用了 Wilks，但是 base R 的 MANOVA 使用了 Pillai，这是一个选项，其他选项似乎是“Hotelling-Lawley”和“Roy”......
啊，小插曲说：“summary.manova 方法对汇总表使用多元检验统计量。Wilks 统计量在文献中最流行，但默认的 Pillai-Bartlett 统计量由汉德和泰勒 (1987)。” Hand, D. J. 和 Taylor, C. C. (1987) 方差和重复测量的多元分析。查普曼和霍尔。
有没有办法对连续数据做同样的事情？这仅适用于分类自变量..