“点图”相对于具有标准偏差的平均值

Question

在附图中，点表示每个物种的选择性平均值。在这个情节中，我想

1) 具有较大字体大小的较小点表示较小的体重 (bodymass9Kg）保持相同的大小。

2）我也想在点周围添加一个黑色边框（这只是为了突出点）

3) 我想添加每个平均点的标准偏差 (sd)。平均值和标准差值分别显示在“media”和“sp”列中。

有人可以帮我吗？谢谢

library(tidyverse)
Dataset %>%
ggplot(aes(x = media, y = specie, 
             colour = energetic_level, size = log(bodymass))) +
  geom_point(alpha = .9) +
  scale_colour_continuous(low = 'green', high = 'red') +
  labs(x = 'Response rate', y = 'Species') +
  ggthemes::theme_few() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = .5)) 

media   dp  specie  bodymass    energetic_level
4.063478961 3.627269468 AAChlor_cyn 5000.01 3.2
4.05537378  3.585436083 ABOtol_cras 1206.61 2.4
3.999309751 3.818689333 ACMiop_tal  1248.86 3
3.945049659 3.855743536 BACerc_mit  5041.29 2.5
3.862515658 3.687924328 BCThry_swin 4000    2.8
3.655056928 3.732785731 DAHys_afri  14936.02    2.8
3.56041853  3.478167947 DBLep_cap   1500    3
3.402431689 3.446995588 DCCivet_civ 12075.58    4.6
3.401743858 3.569716116 FGenet_gen  1756.17 6.1
3.39029097  3.414370313 GALept_serv 11999.96    7
3.39009097  1.552336764 GBPhil_mont 4896.05 2.6
3.32029097  1.920646552 HOryct_afer 56175.2 5
3.239734182 3.540636613 IHipp_amph  1536310.4   3
3.154474564 3.526089786 JBSylv_grim 15639.15    3.2
2.883544415 3.007873613 MAPota_larv 69063.79    3.3
2.719993477 1.308813082 MBTrag_scri 43250.39    3
2.718552867 3.080761281 MCPant_pa   52399.99    7
1.982822501 2.085016316 MDRed_aru   58059.24    3
1.529854402 1.814623348 MFSync_caf  592665.98   3
1.443776834 1.254052861 NLox_afric  3824539.93  3
1.402107786 1.637998721 OCan_mes    22000   5.2
1.164299734 1.397597868 PPant_le    158623.93   6.8
0.887732043 1.318886523 QLyc_pict   21999.99    7
0.82952687  0.789227213 UCroc_croc  63369.98    7
0.782973623 0.570878282 VTrag_oryx  562592.69   2.7
0.477482615 0.624782141 YHipp_eq    264173.96   3

Answer 1

请注意，您的所有问题都已在 SO 上以一种或另一种形式解决。因此，这似乎是一个扩展的多重复帖子，彻底的 SO 搜索将为您提供所需的所有答案/详细信息。

具体来说：

1. 可以使用scale_size、scale_size_area 或scale_radius 之一来更改点大小。我并不完全清楚您在第 1 点中要问什么，但是看看这些函数并使用一些函数的参数应该会给您想要的。

   相关帖子为：defining minimum point size in ggplot2 - geom_point 、ggplot2: how to manually adjust scale_area

2. 要使用黑色轮廓填充点，请使用pch = 21，然后使用fill 美学和colour = "black"。

   这是重复的：Place a border around points

3. 水平误差线可以用geom_errorbarh实现；如果geom_errorbar，则垂直（如有必要）。

   相关帖子为：ggplot2 : Adding two errorbars to each point in scatterplot、Remove endpoints from error bars in ggplot2

总之，你会得到这样的结果：

library(ggthemes)
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(media, specie, fill = energetic_level)) +
    geom_errorbarh(aes(xmax = media + dp, xmin = media - dp)) +
    geom_point(aes(size = log(bodymass)), pch = 21, colour = "black", alpha = .9) +
    scale_fill_continuous(low = 'green', high = 'red') +
    scale_size_area() + 
    labs(x = 'Response rate', y = 'Species') +
    ggthemes::theme_few() +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = .5))

---

样本数据

df <- read.table(text =
    "media   dp  specie  bodymass    energetic_level
4.063478961 3.627269468 AAChlor_cyn 5000.01 3.2
4.05537378  3.585436083 ABOtol_cras 1206.61 2.4
3.999309751 3.818689333 ACMiop_tal  1248.86 3
3.945049659 3.855743536 BACerc_mit  5041.29 2.5
3.862515658 3.687924328 BCThry_swin 4000    2.8
3.655056928 3.732785731 DAHys_afri  14936.02    2.8
3.56041853  3.478167947 DBLep_cap   1500    3
3.402431689 3.446995588 DCCivet_civ 12075.58    4.6
3.401743858 3.569716116 FGenet_gen  1756.17 6.1
3.39029097  3.414370313 GALept_serv 11999.96    7
3.39009097  1.552336764 GBPhil_mont 4896.05 2.6
3.32029097  1.920646552 HOryct_afer 56175.2 5
3.239734182 3.540636613 IHipp_amph  1536310.4   3
3.154474564 3.526089786 JBSylv_grim 15639.15    3.2
2.883544415 3.007873613 MAPota_larv 69063.79    3.3
2.719993477 1.308813082 MBTrag_scri 43250.39    3
2.718552867 3.080761281 MCPant_pa   52399.99    7
1.982822501 2.085016316 MDRed_aru   58059.24    3
1.529854402 1.814623348 MFSync_caf  592665.98   3
1.443776834 1.254052861 NLox_afric  3824539.93  3
1.402107786 1.637998721 OCan_mes    22000   5.2
1.164299734 1.397597868 PPant_le    158623.93   6.8
0.887732043 1.318886523 QLyc_pict   21999.99    7
0.82952687  0.789227213 UCroc_croc  63369.98    7
0.782973623 0.570878282 VTrag_oryx  562592.69   2.7
0.477482615 0.624782141 YHipp_eq    264173.96   3", header = T)