T-SNE 图中的凸包 - R答案

【问题标题】：Convex hull in T-SNE plot - RT-SNE 图中的凸包 - R
【发布时间】：2020-07-19 12:59:10
【问题描述】：

基于这个问题How to use ggplot to plot T-SNE clustering 我希望将凸包添加到组中，但它不起作用。有什么原因吗？

代码：

library(ggplot2)
library(Rtsne)
library(Rtsne)

iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4])
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE

tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species)
ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col)) + stat_chull(aes(color = iris_unique$Species, fill = iris_unique$Species), geom = "polygon", alpha = 0.1)

【问题讨论】：

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

使用以下代码

library(ggpubr)
library(ggplot2)
library(Rtsne)

iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4])
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE

tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species)

ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col)) + 
  stat_chull(aes(x=x, y=y, color = col, fill = col), geom = "polygon", alpha = 0.1)

【讨论】：

凸包到底是什么？是包围簇的形状吗？
仅此而已。