栅格中值替换的不良后果

Question

我正在处理基于遥感的光栅文件，请参阅她的压缩示例文件：ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/GLOPEM/10_Day/011_020/1992_011_020_npp_latlon/1992_011_020_npp_latlon.tif.gz。

为了进一步分析，我想将值为 -999（即水）的单元格更改为 NA。我试过了：

for (i in 1:length(nlist)){
  r=raster(nlist[i])
  calc( r , function(x) { x[ x == -999 ] <- NA; return(x) } ,overwrite=T, filename=paste(names(r),"NA_edited"), format="GTiff")
}

f2 <- function(x) {
  v <- getValues(x)
  v[v<0]<-NA
  x <- setValues(x, v)
  return(x)
}

和

for (i in 1:length(nlist)){
  r=raster(nlist[i])
  r=f2(r)
  writeRaster(r,filename=paste(names(r),"NA_edited"), format="GTiff",overwrite=T)
}

其中 nlist 是文件位置的向量（即 list.files()）。

它们确实摆脱了 -999 并创建了 NA 值，但它们也出于某种原因更改了其他值。似乎所有值都变得略高，例如一层的最大值从 160 到 177。

是否正在进行一些插值，或者是否有一些我错过的魔力？我无法在示例栅格上重现这一点，例如raster(system.file("external/test.grd", package="raster"))。这让我觉得这可能与文件格式有关？

干杯！

Answer 1

由于您使用的是raster 包，请尝试使用函数NAvalue 来指定栅格中的NA 值，而不是手动将-999 值替换为NA 的值。

根据?NAvalue：

NAvalue 返回用于将 NA 值写入磁盘的值（在 “光栅”类型文件）。如果设置 Raster* 对象的 NA 值， 从 a 读取值时，此值将被解释为 NA 文件。已经在内存中的值不会受到影响。

如果 NA 值小于零，则所有值小于或等于 该数字将设置为 NA。

帮助文件中的示例：

r1 <- raster(system.file("external/rlogo.grd", package="raster"))
r2 <- r1
NAvalue(r2)
NAvalue(r2) <- 255
#plot(r1)
#plot(r2)

对于您的问题，您可以加载栅格（例如，r <- raster(file)），然后使用函数NAvalue(r) <- -999，它应该将栅格r 和values <= -999 中的所有值指定为NA。