r - phyloseq - 除物种以外的分类群（科、目等）的排序答案

【问题标题】：r - phyloseq - ordination of taxa other than species (family, order, etc.)r - phyloseq - 除物种以外的分类群（科、目等）的排序
【发布时间】：2017-09-15 02:30:54
【问题描述】：

我已经查看了 phyloseq 教程，但我无法确定如何确定压力水平并绘制特定分类群（物种除外）的排序，例如科或其他分类。

为了说明我的观点，这里是以下 R 代码：

library("phyloseq")

data(GlobalPatterns)

GP <- GlobalPatterns

这是试图仅分离家庭分类群

GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"]

GPotu <- otu_table(GP)

GPsd <- sample_data(GP)

GPpt <- phy_tree(GP)

GPnew <- phyloseq(GPotu, GPsd, GPtaxa, GPpt)

使用默认的 GlobalPatterns 数据集

GP1 <- ordinate(GP, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP1$stress

# [1] 0.1612348

使用修订后的 GlobalPatterns 数据集，以家庭为唯一的分类群

GP2 <- ordinate(GPnew, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP2$stress

# [1] 0.1612348

您如何使用 phyloseq 对除物种以外的分类群进行排序？

我知道如何在素食主义者中做到这一点，但我需要一种 phyloseq 解决方案。

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r phylogeny phyloseq

【解决方案1】：

您对tax_table() 访问器方法的调用没有按照您在帖子中的建议进行子集化或聚集。它仅返回分类表，以通用矩阵括号表示法子集到"Family" 列。

你要找的是tax_glom先做聚合。

library("phyloseq")
data(GlobalPatterns)
GPnew <- tax_glom(GlobalPatterns, "Family")

现在是祝圣

ord1 <- ordinate(GPnew, "NMDS", "bray")
plot_ordination(GPnew, ord1, color="SampleType")

【讨论】：