R脚本，data_path问题<-粘贴[关闭]答案

【问题标题】：R-script, issue with data_path <- paste [closed]R脚本，data_path问题<-粘贴[关闭]
【发布时间】：2018-09-27 13:24:35
【问题描述】：

这是我在qiime 论坛上分享的R 脚本的顶部。该脚本旨在为多个 fastq 文件制作元数据文件。我如何编辑它以运行而不需要每次都编辑但我似乎无法告诉它使用当前的工作主管

问题代码如下：

#!/usr/bin/env Rscript
library(tidyverse)

data_path <- paste ("./", "Data", sep = "/")

及其错误：

Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, "direction", value = "forward") : 
  replacement has 1 row, data has 0
Calls: [<- -> [<-.data.frame
Execution halted

【问题讨论】：

我认为您正在寻找setwd()。我是否认为您总是想将工作目录设置为 "./Data/" ？如果是这样，setwd("Data/") 应该可以工作。
另外 - 我对 conda 安装的 R-Env 一无所知 - 但我认为你的双引号可能会弄乱你的代码。
所以我将datapath 开头的行改为； data_path <- paste (setwd("Data/"), "Data", sep = "/") I got a similar error; unexpected input in "data_path
Gus，您好，欢迎来到堆栈溢出。我认为错误是由“错误”的引号引起的。如果您仔细查看它们，它们不是标准引号，而是其他一些字符。因此 R 不会将它们读取为引号，因此之间的文本不是字符串而是某个对象。只需删除它们并使其成为新的，你应该有一个运行的代码行。（只是为了比较：使用的引号：“和标准的”）
正如@forestfanjoe 已经解释的那样，但我在发布之前没有阅读：D 真丢脸。

标签： r tidyverse qiime

【解决方案1】：

将工作目录设置为 Data 文件夹：

setwd("Data/")

【讨论】：

【解决方案2】：

感谢@forestfanjoe 和@TingleTanglBob 的帮助对于任何想知道如何格式化 setwd 的人，请参阅这个工作示例 =)

data_path <- paste (setwd ("Data/"),"Data", sep = "/")

【讨论】：

你只需要setwd("Data/")。我将添加一个单独的答案...
对不起@forestfanjoe 恐怕单独使用 setwd("Data/") 并不能解决问题