尝试将我的 3-way ANOVA 变量之一设置为随机因子，但收到此错误消息：（在 R 中）答案

【问题标题】：Trying to set one of my 3-way ANOVA variables as a random factor, but getting this error message: (in R)尝试将我的 3-way ANOVA 变量之一设置为随机因子，但收到此错误消息：（在 R 中）
【发布时间】：2021-05-06 11:39:28
【问题描述】：

我有三个分类组（括号中的级别）：物种 (3)、SedLayer (2) 和站点 (10)。由于我总共只有 58 个样本，而且我对物种对沉积物特征的影响感兴趣，我想在我的 ANOVA 中将 Site 设置为随机因素。所以我正在尝试运行：

res1 <- aov(pH ~ Species * SedLayer + (1|Site), data = dat)

summary(res1)

但随后我收到此错误消息：

*Error in contrasts<-(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels*

我真的不明白，因为我有 10 个站点……这可能与每个级别内的观察量有关吗？或者这是一个错误？

感谢您能给我的任何帮助！

【问题讨论】：

看一看像“nlme”这样的混合模型的包

标签： r anova

【解决方案1】：

library(nlme)
res1 <- lme(pH ~ Species * SedLayer, random = ~1|Site, data = dat)
summary(res1)

如果没有数据示例，我既无法展示也无法评估结果

【讨论】：

抱歉，我不知道如何给出数据示例。但是，如果我正确理解您的答案，我不可能只运行具有随机因素的 anova，我必须切换到混合效应模型？
你可以在之后进行方差分析：anova(res1)
也许吧？ aov(pH ~ Species * SedLayer + Error(Site), data = dat)