如何使用 FactoMineR 创建双标图？

Question

这个问题很简单。我想用 FactoMineR 对 PCA(mydata) 的结果进行双标绘图。看来我只能使用内置绘图设备显示变量或个人：

 plot.PCA(pca1, choix="ind/var").

我知道使用 princomp() 的结果可以轻松完成，但我真的很喜欢 FactoMineR 处理 NA 的方式，而且在很多方面对我来说似乎更容易。

有办法吗？我看到它以某种方式使用ggplot2 完成，但仅使用 princomp() 的结果，我不知道如何更改代码以使其与 PCA() 一起使用。

我还看到了使用 ggplot2 (Look at the bottom) 分别绘制个体和变量图的解决方案，但我如何将它们结合起来？

也许解决方案在第一个链接中，但我真的不明白：/。

我希望我说清楚了！

问候

卢卡斯

Answer 1

你也可以用ggord来做，如果你为它们添加额外的S3方法，代码很容易适应其他排序对象：

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")
library(ggord)
library(FactoMineR)
ord <- PCA(iris[, 1:4], graph = FALSE)
ggord(ord, iris$Species)

（虽然可以进行不同类型的缩放，例如行主体（表单双标图）、列主体（协方差双标图）、对称双标图等，目前 goord 不支持。尽管编辑 @987654325 很容易@S3 方法或goord.default 方法支持。）

Answer 2

您好，您可以将您的第一个 link 的代码修改为来自 FactoMineR 的 PCA 对象，如下所示：

PCbiplot2 <- function(res.pca, x="Dim.1", y="Dim.2") {
  if(!require(ggplot2)) install.packages("ggplot2")
  # res.pca being a PCA object
  data <- data.frame(obsnames=row.names(res.pca$ind$coord), res.pca$ind$coord)
  plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3,     aes(label=obsnames))
  plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2)
  datapc <- data.frame(varnames=rownames(res.pca$var$coord), res.pca$var$coord)
  mult <- min(
    (max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))),
    (max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x])))
  )
  datapc <- transform(datapc,
                      v1 = .7 * mult * (get(x)),
                      v2 = .7 * mult * (get(y))
  )
  plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2,     label=varnames), size = 5, vjust=1, color="red")
  plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2),     arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color="red")
  plot
}

library(FactoMineR)
fit2 <- PCA(USArrests, graph=F)
PCbiplot2(fit2)

告诉我它是否有效！

编辑：添加 jlhoward 建议的库