ggbiplot PCA 中的补充变量

【问题标题】：Supplementary variables in ggbiplot PCAggbiplot PCA 中的补充变量
【发布时间】：2016-06-01 11:02:20
【问题描述】：

我正在尝试使用 ggbiplot 绘制 PCA 结果，如何绘制补充变量？我为 MCA 结果找到了 this discussion，但我也想要箭头...

 data(wine)
 wine.pca <- PCA(wine, scale. = TRUE, quanti.sup = c(4,5))
 plot(wine.pca)
 ggbiplot(wine.pca)

此外，这段代码给了我一个错误：

 1: In sweep(pcobj$ind$coord, 2, 1/(d * nobs.factor), FUN = "*") :
    STATS is longer than the extent of 'dim(x)[MARGIN]'
 2: In sweep(v, 2, d^var.scale, FUN = "*") :
    STATS is longer than the extent of 'dim(x)[MARGIN]'

【问题讨论】：

标签： r pca ggbiplot

【解决方案1】：

我尝试了您的代码，但没有重现您的错误，但遇到了其他问题。我搜索了PCA()，发现用于执行 PCA 的包是FactoMineR。查看文档后，我还将scale. 更改为scale.unit 并将quanti.sup 更改为quali.sup，给出了分类变量所在的正确列。

library(FactoMineR)
data(wine)
wine.pca <- PCA(wine, scale.unit = TRUE, quali.sup = c(1,2))
plot(wine.pca)
ggbiplot(wine.pca)

这应该会给出正确的输出。

【讨论】：