使用带有标记点的 Kmean 创建 3D pca答案

【问题标题】：Create a 3D pca using Kmean with points labelled使用带有标记点的 Kmean 创建 3D pca
【发布时间】：2018-09-11 06:16:11
【问题描述】：

我想在mtcars dataset. 上绘制下面给出的图。

为此，我尝试了here 给出的代码，如下所示：

require(rgl)
require(SciViews)
require(plotrix)
library(corrplot)
require(ggplot2)
require(reshape)
require("gridExtra")
cars.pca <- pcomp(~mpg+cyl+disp+hp+drat+wt+qsec, data = mtcars)#,  subset = -(8:14))
mtcars_pca = cbind(cbind(mtcars, cars.pca$scores), car = rownames(mtcars))
plot(cars.pca, which = "correlations") 
plot(cars.pca, which = "scores", cex = 0.8)

代码在此处运行良好，并生成两个图，如下所示：

使用下面给出的代码制作了情节，但情节中有问题：

k <- kmeans(mtcars, 5, nstart=25, iter.max=1000)
new = cbind(mtcars_pca,cluster = k$cluster)
with(new,plot3d(PC1,PC2,PC3, col=k$cluster, size=2, type='s'))
car= = rownames(mtcars)
with(new,text3d(PC1,PC2,PC3,car))

比例不正确，如图所示重叠，pc1 的比例移到上方，同样 pc2 和 pc3 重叠，如何消除这些问题，以便打印 pc1、pc2 和 pc3 的比例对的地方？

【问题讨论】：

你有两个非常简单的错误：new = cbind(mtcars_pca,cluster = k$cluster) 和 with(new,text3d(PC1,PC2,PC3,car))
不是对象，是mtcars_pca(car = rownames(mtcars))的列。
有多种选择，但我建议您咨询pca3d 和ellipse3d（来自rgl 包）。
我已经编辑了问题。

标签： r pca

【解决方案1】：

您可能想使用参数aspect、adjust、cex 或使用jitter 来查找最小化文本重叠的值：

with(new,plot3d(PC1,PC2,PC3, col=k$cluster, size=2, type='s', aspect=c(3,1,3)))
car= rownames(mtcars)
with(new,text3d(jitter(PC1),jitter(PC2),jitter(PC3),car,cex=0.7, adjust=c(0.5,0.9)))

【讨论】：

但情节令人困惑，这个情节中的pc1、pc2和pc3在哪里？
PC1 轴水平，PC3 轴垂直，PC2 垂直于 PC1 和 PC3。