knitr，抑制来自纯素 metaMDS 的 nms 压力

Question

我想编写带有 NMS 排序的报告。我想在报告中包含代码，但不是运行压力。

我已经尝试过message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'，但它仍然包含在报告中。

bc.nms <- metaMDS(as.dist(bc), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F)

## Run 0 stress 0.2484634 
## Run 1 stress 0.2548965 
## Run 2 stress 0.2660619 
## Run 3 stress 0.2471903 
## ... New best solution
## ... Procrustes: rmse 0.07881697  max resid 0.198888 
## Run 4 stress 0.2515325 
## Run 5 stress 0.2456675 
## ... New best solution
## ... Procrustes: rmse 0.04504745  max resid 0.2189408 
## Run 6 stress 0.2563108  

我只想要

bc.nms <- metaMDS(as.dist(bc), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F)

如果它有助于弄清楚如何抑制不需要的结果，这是我的 knitr 选项和我的报告的屏幕截图

output: html_document: toc: true # table of content true depth: 3 # upto three depths of headings (specified by #, ## and ###) self_contained: yes

更新。抱歉，应该包括使用纯素数据集。

install.packages("vegan")
library(vegan)
data(dune)
bc.nms <- metaMDS(dune, k=2, trymin=50, trymax=500)

vegan 中的解决方案比 capture.output 更直接（也有效）

bc.nms <- metaMDS(dune, k=2, trymin=50, trymax=500, trace=FALSE)

Answer 1

基于this answer，可以试试：

capture.output(bc.nms <- metaMDS(as.dist(mtcars), k=2, trymin=50, trymax=500, wascores=F), file='NUL')

我只是在使用 mtcars 数据集时收到警告，不确定您是否这样做，但您也可以事先使用 options(warn=-1) 来抑制它们。