有没有办法将第一列定义为 R vegan 包中 specaccum 的站点名称以避免错误？答案

【问题标题】：Is there a way to define the first column as site names for specaccum in the R vegan package to avoid errors?有没有办法将第一列定义为 R vegan 包中 specaccum 的站点名称以避免错误？
【发布时间】：2020-01-08 19:41:32
【问题描述】：

我相信我正在努力解决数据框问题。在我的数据集中，我的第一列是站点名称，称它们为 Tech 1 到 Tech 8。我的其余列分别分配给一个物种，下方的二进制 0 或 1 表示它们在每个站点中的存在。每次我使用 specaccum 函数时，它都会返回“colSums(x) 中的错误：'x' 必须是数字”。删除第一列只会导致 1 个站点和错误，但包含该列只会导致更多错误。如何操作我的数据框，使第一列成为站点名称？提前致谢

【问题讨论】：

标签： r dataframe vegan

【解决方案1】：

这是一个简单的解决方案

library(vegan)

#I suppose your data is something like this
df<-data.frame(Sites = paste("Tech",1:20),
           Sp1 = rep(c(1,0),each=10),
           Sp2 = rep(c(1,0,0,1),each=5),
           Sp3 = rep(c(0,1,0,1),each=5))

#Change df from data.frame to numeric matrix, excluding the first column
mat<-data.matrix(df[,-1])
#Add first column as row names
row.names(mat)<-df[,1]
#Apply specaccum function
specaccum(mat)

【讨论】：