叠加不同的物种积累图答案

【问题标题】：Overlaying different species accumulation plots叠加不同的物种积累图
【发布时间】：2015-07-31 13:17:56
【问题描述】：

我想在 R 中绘制一些物种积累曲线，这些曲线可以以灰度格式相互叠加，同时易于解释。 Here 是我想要输出的绘图类型的链接，多边形具有不同类型的灰色和一定程度的透明度，线条具有不同的lty 值。一些示例数据：

df1 <- as.data.frame(matrix(sample(0:1, 3*10, replace=TRUE), ncol=3))
df2 <- as.data.frame(matrix(sample(0:2, 4*10, replace=TRUE), ncol=4))
library(vegan)
spec1 <- specaccum(df1)
spec2 <- specaccum(df2)

这是迄今为止我对plot 的了解（不是很好的示例数据，但基本原理是正确的）：

plot(spec2, ci.type = "polygon", ci.lty = 0, ci.col = "grey")
plot(spec1, ci.type = "polygon", ci.lty = 0, ci.col = "gray50",add= TRUE)

当我尝试更改 lty 时，它会说：

多边形错误(c(xaxvar, rev(xaxvar)), c(x$richness - ci * x$sd, rev(x$richness + : 由多个实际参数匹配的形式参数“lty”。

我不确定如何克服这个问题。任何帮助将不胜感激。

【问题讨论】：

更改ci.lty 似乎对我有用。您想在绘图中输入哪些参数？
ci.lty 为我更改了多边形轮廓。我想要的是两个多边形（但足够透明，你可以看到后面的那个）和两种不同的线型。所以就像这个例子，但只有两个因素。谢谢。
多边形的“形状”是否正确？你只需要透明度？
我认为默认形状没问题。尽管与我自己的样本相比，这些数据是一个相当糟糕的形状示例。
我添加了透明度和一种线型的答案，您可以在网络上的许多地方检查不同的rgb值，例如：rapidtables.com/web/color/RGB_Color.htm

标签： r plot vegan

【解决方案1】：

使用您的数据，您需要将 ci.col 参数更改为具有 alpha 透明度值的 rgb() 颜色规范（see here for details，-请记住，根据文档，透明度可能并非所有设备都支持）：

plot(spec2, ci.type = "polygon", ci.lty = 0, ci.col = rgb(0, 0, 0, 0.5))
plot(spec1, ci.type = "polygon", ci.lty = 1, ci.col = rgb(.5, .5, .5, 0.5),add= TRUE).

这将为您提供以下情节：

【讨论】：

随时！请注意，根据您的规范，这些图是灰色的，但您可以使用 rbg 格式更改颜色