在R中将稀疏图从Vegan转换为ggplot2？

Question

您好，我正在“vegan”包中运行物种估计器计算。

我运行的代码很简单：

library(vegan)    
data(BCI)
p<-poolaccum(BCI, permutations = 50)
p.plot<-plot(p, display = c("chao", "jack1", "jack2"))

对象p.plot 是一个格子类型的对象。所以我无法将其转换为用于 ggplot 的数据框。我希望能够使用 ggplot 的原因是因为我希望所有的估计曲线都在同一个带有标签的图表上。我也在为其他数据集做这些图，我想尽可能地整合空间。

任何帮助都会很棒！谢谢

Answer 1

summary(p) 可以帮助您获取 ggplot2 的输入数据。我在这里演示 Chao 情节：

library(ggplot2)
library(reshape2)
chao <- data.frame(summary(p)$chao,check.names = FALSE)
colnames(chao) <- c("N", "Chao", "lower2.5", "higher97.5", "std")
chao_melt <- melt(chao, id.vars = c("N","std"))
ggplot(data = chao_melt, aes(x = N, y = value, group = variable)) +
  geom_line(aes(color = variable)) 

p 是你在p<-poolaccum(BCI, permutations = 50) 得到的输出是这样的，你可以对多个情节和主题进行一些调整。