R vegan 包中的部分 Mantel 测试给出错误答案

【问题标题】：Partial Mantel test in R vegan package gives errorR vegan 包中的部分 Mantel 测试给出错误
【发布时间】：2018-02-09 21:11:14
【问题描述】：

我正在尝试使用 R vegan 包运行 Partial Mantel 测试。即使在非常简单的虚拟数据上，我也会在输出中收到以下错误。

我的代码：

  m1 = matrix(c(0, 1, 2,
                1, 0, 3,
                2, 3, 0),nrow = 3)
  m2 = m1 * 2
  m3 = m1 * 3
  mtest = mantel.partial(xdis = m1, ydis = m2,zdis = m3)
  print(mtest)

输出：

Partial Mantel statistic based on Pearson product-moment correlation 

Call:
mantel.partial(xdis = m1, ydis = m2, zdis = m3) 

Mantel statistic r:   NaN 
      Significance: NA 

Error in quantile.default(x$perm, c(0.9, 0.95, 0.975, 0.99)) : 
  missing values and NaN's not allowed if 'na.rm' is FALSE

【问题讨论】：

在 'mantel.partial()' 中将 'na.rm' 设置为 TRUE 并不能修复错误。

标签： r matrix correlation vegan

【解决方案1】：

示例矩阵是线性相关的； m2 是 m1 的简单线性变换，因此它们完全相关。和m3 一样。一旦你考虑了一对矩阵之间的相关性，就没有什么可以与之相关的了，因此会出现奇怪的 NaNs 和 NAs 以及最终的错误。

【讨论】：

所有三个矩阵都是线性相关的，所有相关系数均为 1。部分相关将是 0/0 的结果，即“非数字”(NaN) 并正确报告。为什么有人要分析这样的数据？
@Jari Oksanen 也许是为了学习如何使用该库，这是否违反任何规则？您的评论先生没有为该线程增加任何价值。这种情况应该由库更好地处理，而不是引发运行时错误。
@Hani：它不会引发运行时错误，但会给出非数字的结果（这是正确的答案）。在实践中，您只能在特制的人工数据中获得这种结果，并且它们不会打扰人们分析真实数据。原则上，我们可以将NaN 转换为其他值，但我不知道该值应该是什么（相关性 0 和 P-值 1 是一种选择，但这也会使那些认为他们的数据完全相关）。
@Jari Oksanen “你只能在特制的人工数据中得到这种结果”这并不完全正确。在不同距离矩阵的大数据集上运行我的代码时，我首先遇到了这个错误。这个错误不断打破我的数据处理循环（在运行时），而不仅仅是抛出一条消息。
哪个“第一个错误”？该帖子只有一个三个变量的示例，每个变量都有三个观察结果并且没有给出错误，而是给出了正确的结果（不是数字）。任何其他错误对你来说都是私人的，我不知道你在说什么。如果此结果破坏了“数据处理循环”，则错误必须来自在循环中未正确处理其输入的其他函数，或者来自mantel.partial() 中的其他错误。使用traceback() 查看哪个函数给出了错误以及你是如何结束的。