“metaMDS”可以同时做 PCoA 和 NMDS 吗？答案

【问题标题】："metaMDS" can do both PCoA and NMDS?“metaMDS”可以同时做 PCoA 和 NMDS 吗？
【发布时间】：2015-12-22 19:12:44
【问题描述】：

我正在学习如何做 PCoA，但是当我测试 metaMDS 时，结果不同。

NMDS<-metaMDS(eurodist)
plot(NMDS)

NMDS<-metaMDS(as.dist(eurodist))
plot(NMDS$points)

http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds 这是我学到的。我认为MDS 用于 PCoA，而NMDS 不是，上述样本均值metaMDS 可以同时执行MDS 和NMDS？

【问题讨论】：

标签： r vegan

【解决方案1】：

您的第一个问题是plot(NMDS$points) 没有正确创建绘图；您必须以等轴缩放或纵横比为 1 绘制绘图。如果您手动正确绘制绘图，则没有区别：

layout(matrix(1:2, ncol = 2))
plot(metaMDS(eurodist)$points, asp = 1, main = "aps = 1")
plot(metaMDS(eurodist), main = "plot.metaMDS")
layout(1)

我们为scores 和plot 之类的事物提供S3 方法是有充分理由的，因此您无需记住细节。如果你去滑雪，你确实需要在细节上出汗。

现在应该回答您的主要问题；否 metaMDS() 不不进行*主坐标分析。如需主坐标分析，见?capscale。

【讨论】：

感谢您的帮助。但是PCoA（主坐标分析）还有另一个问题。此方法也称为 MDS（度量多维缩放）。 davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds既然metaMDS()不做PCoA，为什么在使用plot(metaMDS(eurodist)$points的时候x和y显示“MDS1”或“MDS2”？
那些是矩阵上的名字；我们或许应该将它们更改为 NMDSx 以与情节一致，但您意识到 MDS 中的 M 是 multi，而不是 metric？ MDS is a generic term for a set of methods that map (dis)similarities into a low dimensional space。公制 MDS 和非公制 MDS 只是 MDS 类的两种风格。有些人在术语上玩得有点快和松散。所以将分数列命名为MDSx 并没有错，但它可能有点混乱，肯定与plot 方法不一致。
非常感谢。我想我需要一些基本知识来反思这一点。我真的很感谢你的信息。我正在学习授戒方法here。顺便说一句，capscale 和 cmdscale 之间有什么区别，因为两者都是 PCoA？
你好，格雷文·辛普森。我想我得到了答案here