在 R 中的多个文件中重复相同的操作

Question

我想在具有相同格式 [1:1259] 的多个文件中重复相同的操作。每个文件都有一个列名Image，我想在其中提取一个数字并用它创建另一个列。

我想对每个文件重复的代码。

r<- regexpr("\\d+", Seg_grow_1mm.csv[,"Image"])
Seg_grow_1mm_01<- Seg_grow_1mm.csv %>%
  mutate(., new_id=(regmatches(Seg_grow_1mm.csv[,"Image"], r)))

Seg_grow_1mm_01 预览

#   ID    Image                                                                    New_id
#   02     /Users/LLG/Data avec smoothing-margin/CHUM/05/Augmentation 3 mm/           05
#   03     /Users/LLG/Data avec smoothing-margin/CHUM/103/Augmentation 3 mm/          103
#   04     /Users/LLG/Data avec smoothing-margin/CHUM/145/Augmentation 3 mm/          145
# ....

我想对我的每个文件重复此操作。我尝试了一个循环但没有成功，我不知道如何将它转换为一个函数，以便我可以在我的文件列表中使用 lapply。

seg = list.files(path=csv, pattern="*.csv") # Seg[1:3]

for (i in 1:length(seg))
  assign(seg[i], read.csv(seg[i]))for (x in seg)
      r<- regexpr("\\d+", x[,"Image"])
      mutate(., new_id=(regmatches( x[,"Image"], r)))

Error in x[, "Image"] : incorrect number of dimensions

我不知道该放什么？？

seg01<- lapply(seg, function (z)
  {r<- regexpr("\\d+", ?? [,"Image"])
  mutate(., new_id=(regmatches( ?? [,"Image"], r)))})

感谢您的帮助！

Answer 1

您可以使用tidyverse 方法：

seg <- list.files(pattern="*.csv")

library(purrr)
library(readr)
library(dplyr)
library(stringr)

seg %>% 
  map(read_csv) %>% 
  map(~ .x %>% 
        mutate(new_id = str_extract(Image, "(?<=/)\\d+(?=/)"))) %>% 
  `names<-`(.,seg)

创建一个命名的 data.frames/tibbles 列表

$example1.csv
# A tibble: 3 x 3
  ID    Image                                                             new_id
  <chr> <chr>                                                             <chr> 
1 02    /Users/LLG/Data avec smoothing-margin/CHUM/05/Augmentation 3 mm/  05    
2 03    /Users/LLG/Data avec smoothing-margin/CHUM/103/Augmentation 3 mm/ 103   
3 04    /Users/LLG/Data avec smoothing-margin/CHUM/145/Augmentation 3 mm/ 145   

$example2.csv
# A tibble: 3 x 3
     ID Image                                           new_id   
  <dbl> <chr>                                           <chr>    
1    23 /example/directory/1983/Augmentation 3 mm/      1983     
2    42 /example/directory/105123/Augmentation 3 mm/    105123   
3    99 /example/directory/151252145/Augmentation 3 mm/ 151252145

基于我的两个示例文件。使用assign，您可以在您的全球环境中创建data.frames，但这不是必需的。

如果你想把这个列表写回单独的.csv-files，你可以使用

seg %>% 
  map(read_csv) %>% 
  map(~ .x %>% 
        mutate(new_id = str_extract(Image, "(?<=/)\\d+(?=/)"))) %>% 
  `names<-`(.,seg) %>%
  map2(.x = .,
       .y = paste("new_", seg),
       ~ write_csv(x = .x, file = .y))

这会在您当前的工作目录中创建带有前缀new_ 和旧文件名的文件。如果您想要像“oldfilename_01.csv”这样的文件名，只需将paste("new_", seg) 替换为str_replace(seg, "\\.csv", "_01\\.csv")。