将数据框边缘列表转换为矩阵，同时保留行名和列名答案

【问题标题】：Convert data frame edgelist into matrix while keeping row and column names将数据框边缘列表转换为矩阵，同时保留行名和列名
【发布时间】：2020-06-25 15:28:42
【问题描述】：

我在 R 中有一个具有相似度分数的边缘列表作为数据框：

example <- data.frame(Source = c(1,1,1,1,2,2,2,2,3,3,3,3,4,4,4,4),
                  Target = c(1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4),
                  Similarity = c(1,0,.2,0.1,.004,.1,0,0,1,2,0,.14,.006,0,1,.036))

Source 和 Target 列表示 ID，因此应将其视为因素而不是数字。忽略相似度值，我只是输入随机数来说明。

现在我想把这个边列表格式转换成一个矩阵，其中行名=Source，列名=Target，两者的交集就是Similarity。然后我会将数据输入到 Rtsne 包中进行绘图。

我尝试这样做：

m1 <- as.matrix(sparseMatrix(i = example$Source,
                         j = example$Target,
                         x = example$Similarity))

除了行和列没有命名标记之外，这很好用。

 m1
     [,1] [,2] [,3]  [,4]
[1,] 1.000  0.0  0.2 0.100
[2,] 0.004  0.1  0.0 0.000
[3,] 1.000  2.0  0.0 0.140
[4,] 0.006  0.0  1.0 0.036

我应该如何修改 as.matrix 代码以保留行/列标签？我将在稍后的过程中使用它们。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

如果使用xtabs，可以直接保留dimnames：

xtabs(Similarity ~ Source + Target, example)
#       Target
# Source     1     2     3     4
#      1 1.000 0.000 0.200 0.100
#      2 0.004 0.100 0.000 0.000
#      3 1.000 2.000 0.000 0.140
#      4 0.006 0.000 1.000 0.036

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以为m1设置dimnames：

dimnames(m1) <- list(Source = unique(example$Source), 
                     Target = unique(example$Target))
m1
#>       Target
#> Source     1   2   3     4
#>      1 1.000 0.0 0.2 0.100
#>      2 0.004 0.1 0.0 0.000
#>      3 1.000 2.0 0.0 0.140
#>      4 0.006 0.0 1.0 0.036

【讨论】：

【解决方案3】：

acast 的选项来自reshape2

library(reshape2)
acast(example, Source ~ Target, value.var = 'Similarity')
#      1   2   3     4
#1 1.000 0.0 0.2 0.100
#2 0.004 0.1 0.0 0.000
#3 1.000 2.0 0.0 0.140
#4 0.006 0.0 1.0 0.036

或者使用来自base R的tapply

tapply(example$Similarity, example[1:2], FUN = I)

【讨论】：