R从knitr中的URL错误中读取.csv答案

【问题标题】：R read.csv from URL error in knitrR从knitr中的URL错误中读取.csv
【发布时间】：2015-03-11 21:09:12
【问题描述】：

当我在 R 控制台中运行此代码时，它运行良好：

read.csv('https://courses.edx.org/c4x/MITx/15.071x_2/asset/WHO.csv')

但是当我尝试放入 R Markdown 文档并编织它时，我得到以下信息：

Error in open.connection(file, "rt") : cannot open the connection
Calls: <Anonymous> ... eval -> read.csv -> read.table -> open -> open.connection
Execution halted

我也尝试过使用http 和url()，但都没有帮助

read.csv('http://courses.edx.org/c4x/MITx/15.071x_2/asset/WHO.csv')
read.csv(url('http://courses.edx.org/c4x/MITx/15.071x_2/asset/WHO.csv'))

两者在通常的 R 会话中都能正常工作。

knitr 怎么做？我希望有办法避免下载文件并将其放在工作目录的某个位置。

出于链接目的：这与read.table() and read.csv both Error in Rmd 中的问题相同，但在我的情况下，我试图从 url 中读取，而不是从文件中读取。

【问题讨论】：

在stackoverflow.com/questions/19890633/…中复制和解决
貌似没有重复，但确实解决了问题。

标签： r knitr r-markdown read.table

【解决方案1】：

因此，将@Thomas 的答案调整为您的数据，以下方法可以解决问题。

library(RCurl)
data <- getURL("https://courses.edx.org/c4x/MITx/15.071x_2/asset/WHO.csv",
               ssl.verifypeer=0L, followlocation=1L)
read.csv(text=data)

您还可以查看Error when knitr has to download a zip file，其中删除 https 以获取 http 有帮助。

【讨论】：

【解决方案2】：

@puslet88 的回答有所帮助，但我对其稍作修改以减少“侵入性”。所以我所做的就是在 Rmd 的开头加上以下内容：

```{r, echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
library(RCurl)

read.csv.orig = read.csv

read.csv = function(file, ...) {
  if (is.character(file)) {
    if (grepl('^https://', file)) {
      data = getURL(file, ssl.verifypeer=0L, followlocation=1L)
      return (read.csv.orig(text=data, ...))  
    } else if (grepl('^http://', file)) {
      data = getURL(file)
      return (read.csv.orig(text=data, ...)) 
    } else {
      return (read.csv.orig(file, ...))
    }
  } else {
    return (read.csv.orig(file, ...))
  }
}
```

现在我不必在我的 R markdown 文档中更改所有对 read.csv 的调用，我像以前一样使用它：

read.csv('https://courses.edx.org/c4x/MITx/15.071x_2/asset/WHO.csv')

【讨论】：