当数据为长格式时计算费率答案

【问题标题】：Calculating rates when data is in long form当数据为长格式时计算费率
【发布时间】：2018-04-20 16:53:14
【问题描述】：

我的数据样本可在here 获得。

我正在尝试计算每个 squirrel 的增长率（体重 (wt) 随时间的变化）。

当我拥有宽格式数据时：

squirrel    fieldBirthDate  date1       date2       date3   date4   date5   date6   age1    age2    age3    age4    age5    age6    wt1     wt2     wt3 wt4 wt5 wt6 litterid
22922         2017-05-13    2017-05-14  2017-06-07  NA      NA      NA      NA      1       25      NA      NA      NA      NA      12      52.9    NA  NA  NA  NA  7684
22976         2017-05-13    2017-05-16  2017-06-07  NA      NA      NA      NA      3       25      NA      NA      NA      NA      15.5    50.9    NA  NA  NA  NA  7692
22926         2017-05-13    2017-05-16  2017-06-07  NA      NA      NA      NA      0       25      NA      NA      NA      NA      10.1    48      NA  NA  NA  NA  7719

我可以使用以下代码计算增长率：

library(dplyr)

#growth rate between weight 1 and weight 3, divided by age when weight 3 is recorded
growth <- growth %>%
    mutate (g.rate=((wt3-wt1)/age3))

#growth rate between weight 1 and weight 2, divided by age when weight 2 is recorded
merge.growth <- merge.growth %>%
    mutate (g.rate=((wt2-wt1)/age2))

但是，当数据是长格式（我之后运行的分析所需的格式）时：

squirrel    litterid    date    age wt
22922       7684    2017-05-13  0   NA
22922       7684    2017-05-14  1   12
22922       7684    2017-06-07  25  52.9
22976       7692    2017-05-13  1   NA
22976       7692    2017-05-16  3   15.5
22976       7692    2017-06-07  25  50.9
22926       7719    2017-05-14  0   10.1
22926       7719    2017-06-08  25  48

我无法使用上面使用的mutate 函数。我希望创建一个包含增长率的新列，如下所示：

squirrel    litterid    date    age wt      g.rate
22922       7684    2017-05-13  0   NA      NA
22922       7684    2017-05-14  1   12      NA
22922       7684    2017-06-07  25  52.9    1.704
22976       7692    2017-05-13  1   NA      NA
22976       7692    2017-05-16  3   15.5    NA
22976       7692    2017-06-07  25  50.9    1.609
22926       7719    2017-05-14  0   10.1    NA
22926       7719    2017-06-08  25  48      1.516
22758       7736    2017-05-03  0   8.8     NA  
22758       7736    2017-05-28  25  43      1.368
22758       7736    2017-07-05  63  126     1.860
22758       7736    2017-07-23  81  161     1.879
22758       7736    2017-07-26  84  171     1.930

我一直在用 excel 计算增长率（每个wt 和第一次称重之间的增长率），但是我想在 R 中进行计算，因为我有大量的松鼠要处理.我怀疑if else loops 可能是去这里的方式，但我并不精通那种编码。欢迎任何建议或想法！

【问题讨论】：

标签： r if-statement dplyr grouping

【解决方案1】：

您可以使用group_by 为每只松鼠计算此值：

group_by(df, squirrel) %>% 
    mutate(g.rate = (wt - nth(wt, which.min(is.na(wt)))) / 
                    (age - nth(age, which.min(is.na(wt)))))

留下NaNs，其中age 项为零，但如果您愿意，可以使用df$g.rate[is.nan(df$g.rate)] <- NA 将其更改为NAs。

【讨论】：

这正是我所需要的。感谢您的帮助！

【解决方案2】：

使用 data.table 及其取上一行的函数“shift”的替代方法

library(data.table)
df= data.table(df)

df[,"growth":=(wt-shift(wt,1))/age,by=.(squirrel)]

【讨论】：