R，如何根据箱过滤数据帧并获取每列未知长度的总和/计数？

Question

我有一个物种丰度数据框和几个环境变量，我已经将它们分箱并创建了一个“分箱列”。我正在努力获得每个垃圾箱中每个物种的丰度总和。我看到许多带有 tidyverse 的 R 示例，但似乎都使用了列的实际名称 - 我有几个数据框，其中一些包含数百个我不想输入的物种名称。

示例数据框：

head(data)  binned     Acanthamorpha    Belonidae   Blenoids
Site1_1       1           0               2           3
Site2_2       2           2               3           0
Site3_1       1           5               1           0
Site4_3       3           0               0           0
Site3_2       2           0               3           0

我稍后使用 bin 值标记站点名称，但实际上我想创建一个更小的数据框，如下所示：

bin    Acanthamorpha    Belonidae   Blenoids
 1          2               3          3
 2          4               6          0
 3          3               0          0

我对 tidyverses filter/mutate/groupby 感到困惑。

我玩过很多次，但似乎无法通过按 bin 值组织所有行：

data %>% filter(binned == 1) %>% gather(binned) %>% ???

但这里的错误也是调用每个值进行分箱。我确信有一种方法可以将数据框按垃圾箱分解，然后将每个物种的总和作为新行，然后将所有这些行（总共 5 行）保存为新数据框，但我无法得到它使用我的任何方法。

Answer 1

这是你想要的吗？

library(tidyverse)

# Reproducing your data
df1 <- tibble(
  binned = c(1, 2, 1, 3, 2),
  Acanthamorpha = c(0, 2, 5, 0, 0),
  Belonidae = c(2, 3, 1, 0, 3),
  Blenoids = c(3, 0, 0, 0, 0)
)

df1 %>% 
  group_by(binned) %>%
  summarise_all(sum)

输出：

# A tibble: 3 x 4
  binned Acanthamorpha Belonidae Blenoids
   <dbl>         <dbl>     <dbl>    <dbl>
1      1             5         3        3
2      2             2         6        0
3      3             0         0        0